Hier gaben die Helmholtz-Zentren 2,6 Milliarden Euro, die Institute der Max-Planck-Gesellschaft 1,3 Milliarden Euro, die Einrichtungen der Fraunhofer-Gesellschaft 1,2 Milliarden Euro und die Einrichtungen der Leibniz-Gemeinschaft 0,9 Milliarden Euro aus. Auf die Akademien der Wissenschaften entfielen 0,1 Milliarden Euro.
Die öffentlichen Forschungseinrichtungen von Bund, Ländern und Gemeinden hatten mit 0,9 Milliarden Euro einen Anteil von 11,1 Prozent an den gesamten Ausgaben der außeruniversitären Einrichtungen für Forschung und Entwicklung. Die sonstigen öffentlich geförderten Forschungseinrichtungen, einschließlich der wissenschaftlichen Bibliotheken und Museen, gaben 2006 für Forschung und Entwicklung 1,2 Milliarden Euro (14,3 Prozent) aus.
Die Ausgaben der außeruniversitären Forschungseinrichtungen machen den Angaben zufolge zusammen mit den Forschungsausgaben der Hochschulen rund 30 Prozent der gesamten Ausgaben für Forschung und Entwicklung in Deutschland aus. Gut 70 Prozent der Forschungstätigkeiten finden im Unternehmenssektor statt.
In den drei Sektoren wurden 2006 zusammen 59 Milliarden Euro für Forschung und Entwicklung ausgegeben. Dies entspricht - wie im Vorjahr - einem Anteil von 2,5 Prozent am Bruttoinlandsprodukt (BIP). Die EU-Mitglieder hatten sich im Rahmen der sogenannten Lissabon-Strategie auf das Ziel verständigt, bis 2010 einen Anteil von drei Prozent am BIP zu erreichen.