Bernhard war aktiv für den Bundesverband Bürgerinitiativen Umweltschutz (BBU), den BUND auf Bundesebene, im Landesverband Hessen und im Bund Naturschutz in Bayern sowie für die Schutzgemeinschaft Deutscher Wald. Er war unter anderem Mitglied im Arbeitskreis Energie des BUND und langjähriger Vorsitzender der BN-Kreisgruppe Aschaffenburg. Im Jahr 2006 wurde er wieder zum Vorstandsmitglied des Bundesverbandes Bürgerinitiativen Umweltschutz BBU gewählt.
Bis zum Jahr 2005 war Bernhard auch Mitglied in der Störfallkommission. "Eduard Bernhard, der 43 Jahre lang für die Firma Shell gearbeitet hatte und stellvertretender Betriebsleiter eines Großtanklagers war, wusste was großtechnische Gefahren sein können", schreibt der BUND.
Kaum ein Erörterungstermin, kaum eine Hauptversammlung der Stromkonzerne, an der Eduard Bernhard nicht teilgenommen habe, um als Mitglied der "Kritischen Aktionäre" zu beantragen, den Vorständen wegen unsicherer Atomkraftwerke die Entlastung zu versagen. "Einer der größten Erfolge seiner Arbeit war die Schließung der Hanauer Atombetriebe."
"Ich protestiere aufs Schärfste" - dieser Ruf war offenbar sein Markenzeichen. So sei es auch noch im Januar 2007 gewesen, als der Energieriese E.On eingeladen habe, um die Pläne für den 1000 Megawatt-Block 6 des Kohlekraftwerks Staudinger vorzustellen - in wenigen Kilometern Entfernung von seinem Wohnort Kleinostheim. Nach Darstellung des BUND habe er sofort Fehler in den Planungsunterlagen aufgespürt und dem Energiekonzern vorgehalten: "Wie viele andere Fehler mögen da noch zu Tage kommen?"
Prägenden Einfluss auf seine Arbeit hatte laut BUND die Reaktorkatastrophe in Tschernobyl 1986, die Fahrt in die Ukraine im Jahr 1987 und hierbei insbesondere der Besuch in dem kleinen verstrahlten Dorf Narodici, das von den älteren Bewohnern nicht verlassen worden war. "Er hat immer wieder von seinen Erlebnissen auf dieser Reise gesprochen." Bernhard ist am 21. Jahrestag der Reaktorkatastrophe von Tschernobyl gestorben.
Beim so genannten Widerstandsfest am 28. April vor dem hessischen Atomkraftwerk Biblis erinnerten ehemalige Wegbegleiter Bernhards vor den rund 300 Atomkraftgegnern daran, dass sich Bernhard bei Kundgebungen und in Telefonaten häufig mit den Worten verabschiedete: "The fight must go on." Es sei ihm in den vergangenen Jahren ein Anliegen gewesen, dass andere seine Arbeit fortführen, gegen Atomenergie und Kohlekraftwerke, gegen den Flughafenausbau, für einen lebenswerte Umwelt, für saubere Luft, Erde, Flüsse und für "wunderschöne Wälder".
Die endgültige Stilllegung des Atomkraftwerks Biblis konnte Bernhard nicht mehr erleben. Die Anlage produzierte an seinem Todestag dennoch keinen Strom. Das Kraftwerk ist seit Oktober 2006 außer Betrieb, um fehlerhafte Dübel von Rohrleitungshalterungen auszutauschen. Ein Weggefährte Bernhards sagte dazu auf dem Widerstandsfest: "Selbst in Hessen gehen die Lichter seit Monaten nicht aus, obwohl beide Atomkraftwerksblöcke hier in Biblis keinerlei Strom produzieren und darauf angewiesen sind, dass Windkraftanlagen und andere Kraftwerke ersatzweise Strom ins Netz einspeisen."