Der FDP-Innenpolitiker Max Stadler und die innenpolitische Sprecherin der FDP-Fraktion, Gisela Piltz, warnten vor weiteren Eingriffen in die Bürgerrechte und einer Verwischung der Aufgaben von Polizei und Geheimdiensten. Nach Meinung von Pilz dürfe die Angst der Menschen vor drohenden Anschlägen nicht für "überzogene Maßnahmen" missbraucht werden.
Die innenpolitische Sprecherin warnte des Weiteren davor, dass in Deutschland Terroranschläge zum Anlass genommen werden könnten, um den erfolgreichen Sicherheitsvorkehrungen unnötige Überwachungsmaßnahmen hinzuzufügen. Die stellvertrendende Vorsitzende der FDP-Fraktion, Sabine Leutheusser-Schnarrenberger, vertritt die Auffassung, dass Deutschland bereits ein engmaschiges Sicherheitsnetz habe und ein hohes Sicherheitsniveau für eine Fülle von Vorkehrungen sorge.
"Vernetzen"
Die Gewerkschaft der Polizei hingegen begrüßt die Freischaltung der Anti-Terror-Datei, da sie die Möglichkeit eröffne, die bei Polizei und Nachrichtendiensten vorhandenen Informationen zur Bekämpfung des internationalen Terrorismus zu vernetzen und unter bestimmten Voraussetzungen allen Sicherheitsbehörden zugänglich zu machen.
Der Vorsitzende der Polizeigewerkschaft, Konrad Freiberg, sprach sich gegen die von der Union vorgeschlagene Speicherung von Fingerabdrücken durch Behörden aus, befürwortete aber die Speicherung von Fingerabdrücken in Reisepässen. Desweiteren sprach sich Freiberg für das Abhören von Privatgesprächen nach richterlicher Anordnung aus. Bei unmittelbarer Terrorgefahr und schwerer Kriminalität befürwortete er Online-Durchsuchungen. Die Verwendung von Lkw-Maut-Daten sind nach Meinung Freibergs auf schwerste Fälle von Kriminalität zu beschränken.
Der Landesbeauftragte für den Datenschutz Baden-Württemberg, Peter Zimmermann, bezeichnete in seinem Tätigkeitsbericht von 2006 die Datenbankvernetzung aus mehreren Gründen als datenschutzrechtlich bedenklich. Die Datei drohe unterschiedliche Aufgaben und Befugnisse von Polizei und Nachrichtendiensten in verfassungrechtlich bedenklicher Weise zu vermischen, da sie zu vielen Polizeidienststellen den Zugriff auf die Datei erlaube, zu viele Daten erfasse und den Kreis der entsprechenden Personen zu weit ziehe.
"Trennungsgebot"
Ähnlich äußerte sich der Bundesbeauftragte für den Datenschutz und die Informationsfreiheit, Peter Schaar: "Jede Intensivierung der informationellen Zusammenarbeit zwischen Polizeibehörden und Nachrichtendiensten muss den verfassungsrechtlichen Vorgaben, insbesondere dem Recht auf informationelle Selbstbestimmung, dem Grundsatz der Verhältnismäßigkeit und dem - in einigen Landesverfassungen ausdrücklich genannten - muss dem Trennungsgebot von Polizei und Nachrichtendiensten entsprechen."
"Unbescholtene Bürger"
Die Datenschutzbeauftragte von Nordrhein Westfalen, Bettina Sokol, bezweifelte gegenüber dem WDR am 30. März die Wirksamkeit der Datei. Ihrer Ansicht nach könne die neue Generation von Terroristen in einer derartigen Datei nicht gefunden werden. Die Beteiligten von Anschlägen hätten zuvor vielfach vollkommen unauffällig gelebt und dann wie aus dem Nichts ein Attentat verübt. Nach Auffassung der Datenschutzbeauftragten sei es völlig unklar, wer in eine solche Datei gerate, da der Begriff "Kontaktpersonen" sehr weit gefasst werden könne. Daher besteht nach Ansicht von Sokol die Gefahr, dass völlig unbescholtene Bürger in die Datei geraten.
Nach Auffassung der innenpolitischen Sprecherin der Linksfraktion im Bundestag, Ulla Jepke, ist die Antiterrordatei ein Angriff auf die Demokratie. Die Datei, so die Sprecherin, würde Schluss machen mit einer der wichtigsten Lehren aus dem deutschen Faschismus: der Trennung zwischen Polizei und Geheimdiensten.
An die Antiterrordatei sind rund 40 Sicherheitsbehörden angeschlossen, unter anderem das Bundeskriminalamt (BKA) mit den 16 Landeskriminalämtern, das Bundesamt für Verfassungsschutz mit 16 Landesstellen, der Bundesnachrichtendienst (BND), das Zollkriminalamt, die Bundespolizei und der Militärische Abschirmdienst (MAD).