Nach dem vertraulichen Ausschussprotokoll lieferte der BND selbst die Vorlage für die neue Debatte. Auf die Frage des Ausschussvorsitzenden Siegfried Kauder (CDU) nach dem Verbleib der Papiere antwortete ein BND-Beamter, dass der Geheimdienst keine Ahnung habe, wo die Protokolle abgeblieben seien: "Die Dienststelle ist zwischendurch von München nach Berlin gezogen und hat in diesem Zuge sehr umfangreich Akten vernichtet. Was mit diesen Unterlagen passiert ist, wissen wir leider nicht."
SPD-Kreise streuten daraufhin die Vermutung, dass der BND-Mitarbeiter die Akten offenbar verwechselt habe. Es habe gar keine Vernehmungsprotokolle gegeben, sondern lediglich "Tabellen, in denen die wichtigsten Daten zu Kurnaz zusammengefasst wurden". Diese elfseitigen Akten seien der Bremer Staatsanwaltschaft vom Bundeskriminalamt übermittelt worden, das sie wiederum vom BND erhalten habe. Auch die Ausschussmitglieder hätten die Papiere in ihren Unterlagen. Sicherheitskreise behaupteten laut "Tagesspiegel", die fraglichen Dokumente lägen "komplett vor". Es habe im Fall Kurnaz keine Vernichtungsaktion von Akten gegeben.
Einem Bericht der "Berliner Zeitung" zufolge entlasteten die zwischen Februar und Sommer 2002 in Guantanamo gefertigten Protokolle Kurnaz von dem Vorwurf, ein gefährlicher Islamist zu sein oder Beziehungen zu den radikalislamischen Taliban und Al-Qaida-Aktivisten zu unterhalten. Es soll sich dabei um mehr als zwei Dutzend Vernehmungsniederschriften handeln. Oppermann wies dies zurück: In den Unterlagen befinde sich "nichts Entlastendes".
Das für die Geheimdienste zuständige Parlamentarische Kontrollgremium (PKG) will sich nun auf seiner nächsten Sitzung mit dem Vorfall befassen. Der Vertreter der Grünen im Untersuchungsausschuss, Wolfgang Wieland, nannte es "sehr fraglich", ob dem BND tatsächlich nur eine elfseitige Zusammenfassung von US-Vernehmungen vorgelegen habe. "Die amerikanischen Originalprotokolle der Vernehmungen liegen dem Ausschuss nicht vor", sagte Wieland und forderte die Herausgabe der Dokumente. Der früheren rot-grünen Bundesregierung wird vorgeworfen, die Freilassung von Kurnaz aus dem US-Lager Guantanamo blockiert zu haben.Der Obmann der Links-Fraktion im BND-Untersuchungsausschuss, der ehemalige Bundesrichter Wolfgang Neskovic, sagte, "die Medienmeldungen" über verschwundene BND-Akten zeigten nur einen Ausschnitt der Schwierigkeiten, denen sich der Untersuchungsausschuss gegenüber sehe. "Wichtige Akten werden dem Ausschuss von der Bundesregierung unter fadenscheinigen Begründungen bewusst vorenthalten. Es erweist sich, dass eine wirkliche Aufklärung solange erschwert wird, wie der Belastete selbst entscheiden darf, welche Akten zur Grundlage für die Aufklärungsarbeit herangezogen werden können. Umso abenteuerlicher sind die Entlastungsbehauptungen aus der SPD-Fraktion für Außenminister Steinmeier."
Die Aufklärung werde zusätzlich erschwert, wenn eine "ordnungsgemäße Aktenführung nicht gewährleistet ist", moniert der ehemalige Bundesrichter. Wenn die Medienberichte über im BND verschwundene Akten zuträfen, wäre das "ein Beispiel einer unverantwortlichen Praxis. Ich fordere die Bundesregierung auf, falls die entsprechenden Vernehmungsakten dem Ausschuss von der Bundesregierung nicht aus ihren eigenen Aktenbeständen übergeben werden können, dafür Sorge zu tragen, dass die US-Behörden oder gegebenenfalls die Türkei sie zur Verfügung stellen", so Neskovic.