Die FAU Berlin wirft der Böll-Stiftung zudem gewerkschaftsfeindliches Verhalten vor. Während die meisten KollegInnen nach dem Teilurteil im September an ihre alte Arbeitsstelle zurückkehren konnten, wurden zwei scheinbar besonders verdächtige Kollegen in eine Außenstelle versetzt – geltende Betriebsvereinbarungen zu Arbeitszeiten werden auf sie nicht angewendet. Die Basisgewerkschaft fordert ein Ende dieser disziplinarischen Rechtsverstöße, und sie fordert zudem feste Arbeitsverträge für alle Beschäftigten der grünen Stiftung nach TVöD. Anfang März rief die FAU Berlin daher bundesweit und international zu Protesten an die Adresse der HBS-Geschäftsführung auf. Allein in der Bundesrepublik wurde diese Aktion von mindestens 14 FAU-Syndikaten getragen.
Markus Weise, Gewerkschaftssekretär der FAU Berlin, kommentiert die Niederlage der HBS-Führung: „Das hätte sie auch einfacher haben können. Indem sie auf die berechtigten Forderungen der FAU Berlin eingegangen wäre, ja überhaupt erstmal ernsthafte Gespräche geführt hätte. Insbesondere im Rest Europas stößt diese Blockadehaltung der Böll-Stiftung auf großes Unverständnis. Schließlich ist Gewerkschaftspluralität in den meisten EU-Ländern gängige Praxis.“