In der CSU war bereits vor dem Fall Glos Kritik am Umgang Seehofers mit Führungsleuten der Partei laut geworden. So wurde dem CSU-Chef vorgeworfen, er habe in Hintergrundgesprächen zunächst die Zugkraft des schwäbischen CSU-Bezirksvorsitzenden Markus Ferber als Spitzenkandidat bei der Europawahl in Frage gestellt. Moniert wurden zudem Seitenhiebe Seehofers auf CSU-Fraktionschef Georg Schmid.
Bayerns Innenminister Joachim Herrmann (CSU) mahnte, die CSU müsse "Geschlossenheit und Solidarität zeigen". Er fügte hinzu: "Auch die CSU-Spitze, auch mit den eigenen Leuten, auch in Hintergrundgesprächen, zumindest in homöopathischen Dosen." Der frühere Staatskanzleichef Eberhard Sinner (CSU) kritisierte: "Horst Seehofer hat die Angewohnheit, seine Leute klein zu machen. Er ist nicht optimal in der Menschenführung."
Ramsauer wies die Kritik zurück. Seehofer sichere die "Zukunftsfähigkeit" der CSU. Zu den Personalentscheidungen vom Wochenende habe es zudem "keine Alternative" gegeben. Ramsauer betonte mit Blick auf die Reaktion Seehofers auf den überraschenden Rückzug von Glos, es seien "die richtigen Schritte unternommen worden".
Huber sagte: "Horst Seehofer führt die Partei - und das ist wichtig." Er habe im Übrigen von Sticheleien des Parteichefs gegen die Berliner CSU-Landesgruppe "nicht gehört". Der frühere CSU-Chef fügte hinzu: "Dass er sagt, er will Einzelne anfeuern, er will sie zu Höchstleistungen bringen, und dass er auch gelegentlich entsprechend Bemerkungen macht, das ist jedermanns eigener Führungsstil."
Der ehemalige bayerische Ministerpräsident Günther Beckstein (CSU) kritisierte allerdings, Glos "hätte mehr Unterstützung von allen Beteiligten verdient".
Der neue CSU-Generalsekretär Alexander Dobrindt verteidigte Seehofer. Er betonte: "Es ist überhaupt nicht von einem chaotischen Krisenmanagement zu sprechen, sondern wir haben keine ganz einfachen zwei Tage gehabt." Das Ergebnis zeige, "dass Horst Seehofer das Ganze im Griff hat und seine Entscheidungen dann entsprechend zu einem guten Ende bringt".
Glos attackierte am Montagabend bei einer Sitzung der Berliner CSU-Landesgruppe offenbar die Kanzlerin. Er warf Merkel nach Teilnehmerangaben vor, mehr Kontakt zu Bundesfinanzminister Peer Steinbrück (SPD) als zu ihm gesucht zu haben. Der "Münchner Merkur" zitierte Glos mit dem Satz, er habe sich von der Kanzlerin immer öfter "bewusst missachtet gefühlt".