Der Vatikan versicherte am Mittwoch (4. Februar) in einer Mitteilung des Staatssekretariats, Benedikt XVI. habe Williamsons Haltung nicht gekannt, als er dessen Exkommunikation aufgehoben habe. Diese Meinung sei "unannehmbar" und werde vom Papst abgelehnt.
Mit der Rücknahme der Exkommunikation seien die vier Bischöfe von einer schweren Kirchenstrafe befreit worden, dürften aber ihre kirchlichen Ämter weiter nicht ausüben. Die Piusbruderschaft werde durch die katholische Kirche weiter nicht anerkannt. Für eine Anerkennung sei eine volle Zustimmung zum Zweiten Vatikanischen Konzil unerlässlich. Der Papst selbst ging bei der wöchentlichen Generalaudienz nicht auf die Debatte ein.
Der Vorsitzende der Deutschen Bischofskonferenz, der Freiburger Erzbischof Robert Zollitsch, begrüßte die Vatikan-Reaktion: Sie gebe Klarheit und zeige, "dass für Leugner des Holocaust kein Platz in der katholischen Kirche ist".
Die Präsidentin des Zentralrats der Juden, Charlotte Knobloch, sprach von einem "ersten Schritt in Richtung Wiederaufnahme des Dialogs" mit der Kirche. Die Öffentlichkeit habe schon lange auf dieses positive Signal gewartet. Zentralrats-Generalsekretär Stephan Kramer sagte dagegen: "Das ist nur der halbe Weg." Es gehe nicht nur um Williamson, sondern um die Grundsatzfrage des Umgangs mit der Piusbruderschaft. Neben Williamson seien auch andere Mitglieder durch Holocaust-Leugnungen aufgefallen.
Knobloch wertete die Vatikan-Stellungnahme als Reaktion auf Merkels Vorstoß. Die Kanzlerin hatte am Dienstag gemahnt, vonseiten des Papstes und des Vatikans müsse eindeutig klargestellt werden, dass es keine Leugnung des Holocaust geben könne.
Mehrere Bischöfe verwahrten sich gegen eine Einmischung der Politik in die Debatte. Der Augsburger Bischof Walter Mixa warf Merkel einen "politischen und diplomatischen Fehlgriff" vor. Der Papst brauche "keinen Nachhilfeunterricht der deutschen Regierungschefin". Der Eichstätter Bischof Gregor Maria Hanke nannte es "unbegreiflich und empörend", wenn die Kanzlerin vom Papst klare Worte zum Holocaust fordere. Benedikt XVI. habe es in dieser Frage nie an Eindeutigkeit fehlen lassen. Der Regensburger Bischof Gerhard Ludwig Müller sprach von einer "Kampagne" gegen den Papst.
Der Vorsitzende des Landeskomitees der Katholiken in Bayern, Helmut Mangold, sagte: "Was mischt sich die Kanzlerin in solche Sachen ein?" Schließlich gebe es in Deutschland eine Trennung von Staat und Kirche. Der CSU-Europaabgeordnete Bernd Posselt warnte Merkel davor, "sich weiterhin als Lehrmeisterin des Papstes zu gerieren".
Der Freiburger Theologieprofessor Hubert Windisch hält Merkel nach ihrer Kritik am Papst für deutsche Katholiken nicht mehr für wählbar. Merkel habe sich als "Anti-Papst-Kanzlerin" erwiesen, schrieb Windisch in einem Beitrag für Internetmagazin "Kath.net". Er warf der Kanzlerin "Arroganz" und "Ignoranz" vor: "Weiß sie denn nicht, wie oft und wie deutlich der Papst zum Holocaust Stellung genommen hat?" Der Professor warf Merkel vor, sie habe ihr Amt missbraucht, anstatt zur sachdienlichen Beruhigung der "Hetzmentalität" beizutragen.