Aus Deutschland sollen darauf ein Übersetzer des Bundesnachrichtendienstes (BND) und Beamte des Bundeskriminalamts (BKA) angereist sein. Sie machten sich laut ARD-"Tagesschau" daran, "blutverschmierte Papiere zu übersetzen und ihre Erkenntnisse nach Deutschland zu übermitteln". Vermutlich am 1. Oktober weigerten sich dann offenbar zwei BKA-Beamte und der BND-Dolmetscher weiterhin für die US-Armee tätig zu werden, weil ihnen die Amerikaner freimütig von Menschenrechtsverletzungen erzählt hätten.
Wieder zurück in Deutschland habe ein BKA-Beamter einen Einsatzbericht geschrieben, in dem er die Verhältnisse in dem US-Gefängnis geschildert habe. Er habe zudem darum gebeten, das Kanzleramt zu informieren. Tatsächlich sei eine Notiz für die Sitzung am 10. Oktober 2001 verfasst worden. An den entsprechenden Sitzungen nahm laut Tagesschau regelmäßig unter anderem der damalige Kanzleramtschef und heutige Außenminister Frank-Walter Steinmeier teil. Doch die Warnung des BKA-Beamten hinderte deutsche Sicherheitsbehörden und die damalige Spitze im Kanzleramt offenbar nicht daran, in den folgenden Monaten und Jahren eng mit den USA im "Anti-Terror-Kampf" zusammenzuarbeiten und Informationen über Verdächtige auszutauschen.
Vertreter der alten rot-grünen Bundesregierung hatten stets behauptet, erst mit dem Abu-Ghraib-Folter-Skandal Mitte 2004 von dem brutalen Umgang mit Gefangenen in US-Einrichtungen erfahren zu haben. Diese Aussagen geraten nun ins Wanken.
Der jahrzehntelang in München lebende Ägypter Abdel Halim Khafagy hatte offenbar nach einhelliger Auffassung der deutschen Beamten wie auch der US-Militärs mit Terrorismus nichts zu tun. In Bosnien-Herzegowina habe er ein Buch verlegen und den Druckprozess überwachen wollen. Doch dann wurde er mutmaßlich von US-Soldaten in der Nacht des 25. Septembers 2001 brutal festgenommen. Bei dem Zugriff soll sich der betagte Khafagy so sehr gewehrt haben, dass ein US-Soldat später behauptete, nur durch einen Hieb mit dem Gewehrkolben auf den Kopf sei der Mann zu bändigen gewesen – die Kopfplatzwunde musste offenbar mit mehreren Stichen genäht werden.
Khafagy soll dem Bericht zufolge von US-Kräften "geschlagen, verhört, misshandelt" und schließlich nach Ägypten abgeschoben worden sein. Den deutschen Sicherheitsbeamten erzählten die US-Amerikaner in "Eagle Base" offenbar freimütig, dass sie den in dem Gefängnis festgehaltenen Verdächtigen einen Rechtsbeistand verwehrten, ihnen das Zeitgefühl nähmen und Gefangenen Schlaf entzögen. Auch Khafagy berichtete später unter anderem, dass er am Schlafen gehindert worden sei. Einer der deutschen Beamten resümierte dem Bericht zufolge, "dass das US-Verhalten durch ein Kriegsverbrechergericht geahndet werden könnte".