Scheich Mohammed gilt offiziell als enger Vertrauter des Al-Qaida-Chefs Osama Bin Laden und war offenbar im März 2003 im pakistanischen Rawalpindi verhaftet worden, nachdem er von dem US-amerikanischen Geheimdienst NSA über eine zurückverfolgte E-Mail aufgespürt worden sein soll. Monatelang habe er beim Telefonieren Schweizer Prepaid-Karten benutzt, um seine Verfolger in die Irre zu führen.
Nach seiner Verhaftung soll er in geheimen US-Lagern im Ausland gefangen gehalten, mit "speziellen" Methoden verhört und später nach Guantanamo gebracht worden sein. In Deutschland wurde sein Name im Zusammenhang mit den Gerichtsprozessen gegen den Marokkaner Mounir El Motassadeq bekannt. Allerdings wurden seine von den USA übergebenen und vor Gericht verlesenen Aussagen nicht zur Urteilsfindung hinzugezogen, da sie nach Ansicht der Hamburger Richter unter Folter entstanden waren.
Vor diesem Hintergrund hegt Grünen-Fraktionsvize Christian Ströbele starke Zweifel an der Authentizität des vermeintlichen Geständnisses. "Er hätte wohl auch gestanden, der Satan persönlich zu sein", sagte Ströbele. Nach rechtsstaatlichen Kriterien dürften diese Aussagen des als Chefplaners der Anschläge vom 11. September geltenden Scheich Mohammed vor Gericht nicht verwertet werden.
Auch die Menschenrechtsausschuss-Vorsitzende Herta Däubler-Gmelin (SPD) meldete Bedenken an. Dass die Öffentlichkeit bei der Anhörung auf Guantanamo ausgeschlossen gewesen sei, trage nicht dazu bei, "dass man guten Gewissens von 'Geständnissen' reden kann", sagte sie. "Hier veröffentlicht eine Militärbehörde, was ihr passt."
Ähnlich kritisch äußerte sich die Linkspartei. Deren Europaabgeordneter André Brie betonte, ein solches Geständnis, "das nicht in einem ordentlichen und fairen Verfahren erlangt wurde, lässt viel Raum für Spekulationen". Der mediale Jubel über das vermeintliche Geständnis vor einem US-Sondertribunal sei "fehl am Platze".
Vom US-Verteidigungsministerium in Washington war zuvor eine Mitschrift eines Verhörs in Guantanamo veröffentlicht worden, in dem er bekannt haben soll: "Ich war verantwortlich für die Operation am 11. September, von A bis Z". Darin habe der bis zu seiner Verhaftung als Nummer drei in der Al-Qaida-Struktur geltende Scheich Mohammed die Verantwortung auch für die Planung und Finanzierung anderer Anschläge übernommen sowie zugegeben, für die Ausbildung von Terroristen gesorgt zu haben.
Der Islam-Experte Peter Scholl-Latour bezweifelt generell die Bedeutung von Al-Qaida. Im Juni 2006 hatte er gesagt, das Terrornetzwerk Al-Qaida sei "eher ein Mythos, den die Amerikaner hochgespielt haben, der im Irak und der gesamten arabischen Welt aber keine so große Rolle spielt." Scholl-Latour hatte damals bestritten, dass der offenbar von den USA getötete Abu Mussab el Sarkawi Chef von Al-Qaida im Irak gewesen sein soll: "Ich weiß nicht, wer das erfunden hat. Das ist Unsinn", so Scholl-Latour.
In den USA gibt es seit Jahren eine lebhafte Diskussion darüber, ob die "Anschläge" vom 11. September 2001 auf das Konto von Al-Qaida gehen.