Das ARD-Magazin "Report Mainz" hatte Ende November 2006 berichtet, dass vom EUCOM in Stuttgart aus Verschleppungen organisiert wurden. Demnach wurden sechs Algerier zunächst von Bosnien in die Türkei gebracht und von dort aus zusammen mit 28 Gefangenen aus Afghanistan nach Guantanamo geflogen, wo sie bis heute ohne Anklage inhaftiert sein sollen. Die Staatsanwaltschaft Stuttgart hatte damals erklärt, sie prüfe den Vorgang. Auch die Bundesanwaltschaft in Karlsruhe soll sich mit dem Vorwurf befasst haben.
Nach Angaben der Staatsanwaltschaft gibt es keine Erkenntnisse über eine Mitwirkung deutscher Behörden an der Überstellung der sechs Personen. Darüber hinaus sei "nicht bekannt", welche Personen auf US-amerikanischer Seite an dem Transport mitgewirkt hätten, so die deutsche Ermittlungsbehörde.
Sie verwies darauf, dass nach dem NATO-Truppenstatut grundsätzlich die USA für die Strafverfolgung zuständig wären, wenn es um strafrechtlich relevante Handlungen von Mitgliedern der US-Truppen während der Dienstausübung gehe.
Das EUCOM hatte bereits am 18. Januar 2002 in einer Pressemitteilung den Transport von sechs Algeriern bestätigt.