Vor diesem Hintergrund wolle der Grünen-Abgeordnete Christian Ströbele die Bundesregierung befragen, was die Deutschen von den Verschleppungen gewusst haben. Zudem müsse sichergestellt werden, dass US-Stellen in Deutschland keine strafbaren Handlungen unterstützten. Notfalls müsse dies über eine "Änderung der Stationierungsvorschriften und der Stationierungspraxis" geschehen.
Für den UN-Sonderberichterstatter für Folter, Manfred Nowak, böten die vom Magazin vorgelegten Unterlagen Anlass für ein Ermittlungsverfahren auch in Deutschland, da die Behandlungen der Gefangenen während des Fluges als "schwerste Menschrechtsverletzungen" gelten müssten. "Natürlich wäre das ein Fall für die deutsche Staatsanwaltschaft, weil es ja in Deutschland passiert ist und von Deutschland aus koordiniert wurde."
Sowohl die Staatsanwaltschaft Stuttgart als auch die Bundesanwaltschaft sahen sich zunächst nicht veranlasst, Ermittlungen einzuleiten. Eine Sprecherin der Stuttgarter Behörde sagte, dies wäre verfrüht. Die Staatsanwaltschaft werde die weitere Entwicklung aber "im Blick behalten". Auch ein Sprecher von Generalbundesanwältin Monika Harms in Karlsruhe sagte, es werde bislang nicht ermittelt. Weitere Stellungnahmen zu dem Bericht lehnten die Behörden ab.
Der stellvertretende Regierungssprecher Thomas Steg behauptete, es habe keine CIA-Gefangenenflüge aus Deutschland oder über deutsches Hoheitsgebiet gegeben. Die Bundesregierung habe von solchen Flügen des US-Geheimdienstes "keine Kenntnis". Vom Verteidigungsministerium wurde allerdings bestätigt, dass seit sechs Jahren "durchgängig" zwei Offiziere der Bundeswehr bei EUCOM seien, deren Aufgabe angeblich nur in der Entgegennahme und Weiterleitung von Anfragen und Anforderungen der Verbündeten bestehe.