Nach Auffassung der EU-Kommission sollen die Mitgliedstaaaten die Regionalbeihilfen "wieder auf die am meisten benachteiligten Regionen der erweiterten EU beschränken, ihre Wettbewerbsfähigkeit erhöhen und für einen reibungslosen Übergang sorgen".
"Ich freue mich sehr, dass 24 Mitgliedstaaten unseren Vorschlag angenommen haben, ihre gegenwärtigen Regionalbeihilferegelungen bis Ende dieses Jahres auslaufen zu lassen und sie ab 2007 durch neue Regelungen zu ersetzen", sagte Wettbewerbskommissarin Neelie Kroes. "Ich bedauere, dass Deutschland sich nicht hat anschließen können. Die Einleitung des förmlichen Prüfverfahrens gegen Deutschland ist der erste Schritt der Kommission, um sicherzustellen, dass für Unternehmen in allen Mitgliedstaaten dieselben Vorschriften gelten."
Nach Artikel 87 Absatz 3 EG-Vertrag können "Beihilfen zur Förderung der wirtschaftlichen Entwicklung" bestimmter benachteiligter Gebiete innerhalb der Europäischen Union als mit dem Binnenmarkt vereinbar angesehen werden. Um die Gleichbehandlung aller Mitgliedstaaten und die Transparenz und Berechenbarkeit von Kommissionsentscheidungen zu gewährleisten, gibt die Kommission regelmäßig Leitlinien mit Bewertungskriterien für solche Beihilfen heraus. Die Leitlinien für Regionalbeihilfen aus dem Jahr 1998 wurden im Dezember 2005 durch neue Leitlinien für den Zeitraum 2007-2013 ersetzt.
Die Kommission hat alle Mitgliedstaaten aufgefordert, ihre gegenwärtigen Beihilferegelungen bis zum 31. Dezember 2006 auslaufen zu lassen und neue Regelungen für 2007-2013 zu erlassen. Damit will sie sicherstellen, dass alle Regionalbeihilferegelungen die Voraussetzungen der neuen Leitlinien erfüllen. Außerdem erhalten die Mitgliedstaaten "die Möglichkeit, die derzeit geltenden Regionalbeihilferegelungen zu überprüfen".
Die noch geltenden Leitlinien aus dem Jahr 1998 sind durch die neuen Leitlinien für den Zeitraum 2007-2013 – der dem Programmplanungszeitraum für die EU-Strukturfonds entspricht – nach Darstellung der EU-Kommission "erheblich abgeändert worden". Die Änderungen beträfen vor allem die Auswahl der am meisten benachteiligten Regionen, die zulässigen Beihilfehöchstintensitäten, die Definition der förderfähigen Kosten, den Anreizeffekt und die Vorschriften über große Investitionsprojekte, Betriebsbeihilfen, Kumulierung und Transparenz.
"24 Mitgliedstaaten akzeptierten die vorgeschlagenen Maßnahmen", heißt es in einer Stellungnahme der Kommission. "Deutschland hat einem großen Teil der neuen Leitlinien zugestimmt, lehnt es jedoch ab, alle geltenden Beihilferegelungen, insbesondere die Bürgschaftsregelungen, auslaufen zu lassen. Die neuen Regionalbeihilferegelungen sollten nach dem 31. Dezember 2006 unbedingt in allen Mitgliedstaaten angewendet werden. Deshalb hat die Kommission ein förmliches Prüfverfahren gegen alle deutschen Regionalbeihilferegelungen eingeleitet, die erst nach dem 31.12.2006 außer Kraft treten."