Die Umweltverbände BUND, NABU, GRÜNE LIGA und WWF sowie die Heinz-Sielmann-Stiftung, die Michael-Succow-Stiftung, die Stiftung Euronatur und die Naturstiftung David weisen allerdings darauf hin, dass ihres Erachtens "die entscheidenden Weichen für die Sicherung des nationalen Naturerbes erst in den nächsten Wochen gestellt werden". Dann würden Bundesumweltministerium und Bundesfinanzministerium darüber entscheiden, welche Flächen unter die Regelung fallen. Außerdem werde festgelegt, mit welchen Auflagen die Naturschutzflächen an die Bundesländer übertragen werden sollen.
"Wir hören vermehrt Signale aus den Bundesländern, dass man großes Interesse an den Flächen habe, um sie dann im Zuge der normalen Land- und Forstwirtschaft weiter zu nutzen - das würde das großartige Geschenk des Bundes in das völlige Gegenteil verkehren", befürchtet Weinzierl. Die Umweltverbände fordern deshalb, dass die Naturerbe-Flächen einer natürlichen Entwicklung überlassen werden und keinerlei wirtschaftlichen Nutzung unterliegen dürfen.
Wenn es aus naturschutzfachlichen Gründen notwendig sei, ausgewählte Flächen zu entwickeln oder zu nutzen, sind nach Meinung der Umweltverbände strenge Auflagen vorzusehen: So sollten generell keine Pflanzenschutzmittel oder keine mineralischen Düngemittel ausgebracht werden. Auch die Einbringung gentechnisch veränderter Organismen müsse unterbleiben. Die Jagd solle sich den Zielen des Naturschutzes unterordnen. Grünland soll nach Auffassung der Naturschützer nicht umgebrochen werden und eventuelle waldbauliche Maßnahmen müssten sich an den Kriterien des Gütesiegels FSC orientieren.
Die Umweltverbände fordern die Länder auf, dem positiven Beispiel des Bundes zu folgen und auf die Privatisierung wertvoller Naturschutzflächen zu verzichten. "Es kann nicht sein, dass die Bundesländer Naturschutz-Flächen des Bundes übernehmen und gleichzeitig ähnlich bedeutsame Gebiete im Landeseigentum verkaufen", kritisiert Weinzierl. Auch die Bundesländer müssten ihrer Verantwortung für das Nationale Naturerbe Deutschlands gerecht werden.