Besonders deutliche Kritik übten die Verbände an der Technologieplattform "Pflanzen für die Zukunft", welche die Richtlinien der Entwicklung bestimme. Dieses Forum sei ausschließlich mit Vertretern der Forschung und der Industrie besetzt. Diese könnten das milliardenschwere Programm zum Vorteil ihrer Unternehmen und Forschungsprogramme beeinflussen. Verbraucher- und Umweltschutzorganisationen, ökologische Landwirte und gentechnikkritische Wissenschaftler blieben außen vor, heißt es in dem Schreiben. Eine Kontrolle der Interessen von Industrie und Forschung sei mit diesem Programmentwurf nicht möglich.
Die Verbände fordern, die Vergabe der rund 2,5 Milliarden Euro, die das Forschungsprogramm für den Bereich "Lebensmittel, Futtermittel und Landwirtschaft" enthält, "auf Eis zu legen". Bevor Gelder flössen, müsse sichergestellt werden, dass Umwelt- und Naturschutzverbände an der Konzeption beteiligt würden.
Auch die Europaabgeordnete Hiltrud Breyer bemängelte an dem Programm "Pflanzen für die Zukunft": "Es kann nicht sein, dass das Forschungsrahmenprogramm zum Selbstbedienungsladen der Industrie wird", sagte sie in Brüssel. Die Kommission lade hier die Großforschung in Gestalt von Technologieplattformen ein, sich selbst die Forschungsthemen zu stricken. Und die Großindustrie diktiere der Kommission die vorrangige Förderung von Projekten in die Feder, die ohnehin schon von ihr beforscht würden, so Breyer.