Nach Auffassung der IPPNW ist Biblis B nicht gegen Erdbeben ausgelegt, "wie sie am Standort Biblis auftreten können". Die hessische Atomaufsicht verlange von der Betreibergesellschaft RWE – "in rechtlich unzulässiger Weise" – nur eine Auslegung gegen schwächere Erdbeben (50%-Fraktile). Bei stärkeren Erdbeben würden die Betriebs- und Sicherheitssysteme versagen.
Das Reaktorgebäude von Biblis B sei zudem weder gegen den Absturz von schweren Militärflugzeugen noch gegen den Absturz von Passagiermaschinen ausgelegt. Im Gegensatz zu allen übrigen deutschen Atomkraftwerken verfüge die Anlage aber über kein regelwerksgerechtes Notstandssystem, um die Anlage bei Flugzeugabstürzen herunterfahren zu können.
"Schweren Unwettern" soll das Atomkraftwerk nach Darstellung der IPPNW "schutzlos ausgeliefert" sein. Die Organisation verweist auf ein Vorkommnis am 8. Februar 2004. Ein Sturm habe an diesem Sonntag zu dem gefürchteten "Notstromfall" geführt. "Ursache ist die fehlende elektrische Entkopplung und räumliche Trennung der Anbindung des Kraftwerks an das Verbundnetz." Jederzeit könne daher ein schwerer Sturm in Biblis B zum Super-GAU führen.
Die IPPNW verweist auch auch einen "internationalen Vergleich" der OECD. Demnach könne der Sicherheitsbehälter (Containment) aus Stahl in Biblis B bei vergleichsweise geringen Drücken großflächig versagen. Die OECD zeige, dass Sicherheitsbehälter aus Stahl bei wesentlich geringeren Drücken versagen "als die im Ausland überwiegend üblichen Sicherheitsbehälter aus Beton oder Stahlbeton, so die IPPNW.
Auch hinsichtlich der gefahr von Wasserstoffexplosionen soll Biblis B "im internationalen Vergleich" schlecht abschneiden. Im Fall einer Kernschmelze entstehe in Biblis B wesentlich mehr hochexplosiver Wasserstoff als bei Atomkraftwerken im Ausland, schreibt die IPPNW. Zudem: "Die in Biblis B eingebauten Wasserstoff-Rekombinatoren sind völlig unausgereift und können die gefürchteten Wasserstoff-Explosionen geradezu herbeiführen." Dies hätten Experimente im (Atom-)Forschungszentrum Jülich ergeben.
Als weitere Schwachstelle nennt die Organisation Gefahren bei so genannten kleinen Lecks in Rohrleitungen. Hierbei könne es in Biblis B "zum Versagen des Notkühlsystems im Hochdruck-Bereich kommen". Zu derartigen Leckagen kann es nach Auffassung der IPPNW auch deswegen kommen, weil die in Biblis B verwendeten Werkstoffe "veraltet" seien und zudem "Alterungsprozesse" zu berücksichtigen seien.
Als generelles Problem von Biblis B gelte, dass die Sicherheitssysteme "nur unzureichend räumlich getrennt" seien. Dies habe beispielsweise am 18. August 1997 dazu geführt, "dass drei der vier Pumpen des Kühlsystems gleichzeitig ausgefallen waren, weil ein vergessener Schutzhelm einen Lagerschaden verursacht und das Pumpenhaus unter Wasser gesetzt hatte". Wäre auch noch die letzte Pumpe ausgefallen, so die IPPNW, "dann hätte es zum Super-GAU kommen können".
Wegen dieser und anderer Probleme hat die Organisation im vergangenen Sommer einen Stilllegungsantrag bei der Hessischen Atomaufsicht gestellt. Sollte dem Antrag nicht entsprochen werden, möchte die IPPNW den Klageweg beschreiten und per Gericht eine Stilllegung erwirken.