Kern der Kritik von Schaar sind die Festlegung auf die RFID-Technologie zur Datenspeicherung auf Reisepässen, Zweifel an der Zuverlässigkeit biometrischer Verfahren und der projektierten Verschlüsselung, gewaltige Abweichungen in den Datenschutzstandards der Sicherheitsbehörden weltweit, die mangelnde Beteiligung des Deutschen Bundestages an den getroffenen Entscheidungen und das unklare Verwendungsspektrum der auf den Pässen gespeicherten biometrischen Daten. Mit diesem Standpunkt, der von der Deutschen Vereinigung für Datenschutz e.V. uneingeschränkt geteilt werde, liege der Bundesbeauftragte auf der Linie der Entschließung der Konferenz der Datenschutzbeauftragten des Bundes und der Länder vom 1. Juni 2005 und befindet sich in der guten Gesellschaft einer Vielzahl von Fachleuten.
Die Information der Öffentlichkeit über wesentliche Entwicklungen im Datenschutz gehöre aber zu den gesetzlichen Aufgaben des Bundesbeauftragten, ob es dem Bundesinnenminister gefällt oder nicht. Schaar nehme mit seiner öffentlichen Kritik dieses Amt wahr und sei nicht gehalten, Rücksichten auf die sicherheitspolitischen Planungen des Bundesinnenministers zu nehmen. Es stehe dem Bundesinnenminister nicht zu, mit der Anspielung auf seine dienstrechtlichen Befugnisse einen vom Deutschen Bundestag gewählten Datenschutzbeauftragten zum Schweigen anzuhalten.
Im Gegenteil sei die öffentliche Einmischung wesentlicher Bestandteil der Unabhängigkeit, die für das Amt des Datenschutzbeauftragten unerlässlich ist. Die Vehemenz, mit welcher der Bundesinnenminister sich gegen die Einwände des Bundesbeauftragten verwahrt, könne dessen fachliche Kritik an den biometrisch aufgerüsteten Reisepässen nicht widerlegen und sei einer freiheitlichen Demokratie unangemessen.