Schon in der Zulassungsphase wurde behauptet, dass der Reaktor längst fix und fertig und anfahrbereit sei, die Wissenschaftler angeblich "Strahlrohr polierend" in den Startlöchern stünden, zumindest die wenigen, die noch nicht frustriert abgewandert wären. Außerdem koste jeder Tag der Nicht-Nutzung viel Geld, das schließlich der Steuerzahler aufbringen müsse.
Karin Wurzbacher, Physikerin am Umweltinstitut München e.V. sagte dazu: "Erstens ist der Reaktor noch immer nicht fertig, der Routinebetrieb noch nicht angelaufen. Zweitens hatte die TU München selbst für die beklagte Verzögerung der Genehmigung gesorgt, da vom Bundesumweltminister angeforderte Dokumente zur Überprüfung der Sicherheit des FRM-II nur schleppend vorgelegt wurden." Bis heute sind zwei Jahre seit der Genehmigung vergangen, die Dauerbetriebsgenehmigung nach dem Probebetrieb liegt noch nicht vor.
Die Probebetriebsphase verlief nicht ohne Pannen, mindestens eine davon gab zur Sorge Anlass. In der Zeit vom 11. Mai bis zum 7. Juli 2004, genau in der Zeit, als Bayerns Ministerpräsident Edmund Stoiber die symbolische offizielle Einweihung vollzog, war der Reaktor außer Betrieb, da sich im Hochpunkt des Reinigungskreislaufs für das Primärkühlwasser Radiolysegas angesammelt hatte. In so einem Fall besteht je nach Konzentration die Gefahr einer heftigen Reaktion, z.B. einer Explosion. Der Probebetrieb war im Oktober 2004 abgeschlossen. Seitdem wird angeblich "optimiert", "gewartet", "gereinigt" und "nachgebessert". Als möglicher Beginn für den Routinebetrieb wird nun Herbst 2005 gemutmaßt, ein genauer Termin ist noch nicht bekannt.
Christina Hacker, Vorstand im Umweltinstitut München e.V.: "Dieses Verhalten zeigt einmal mehr, dass die Garchinger Betreiber ihre so hoch gelobte "Weltspitzentechnik" nicht im Griff haben." Außerdem sei die angebliche Transparenz, die Information der Bevölkerung, schon in der Probebetriebsphase auf der Strecke geblieben, da die Öffentlichkeit über die genannte Störung erst auf Nachfrage informiert wurde. Hacker: "Auf eine aktuelle und verlässliche Informationspolitik werden die Bürgerinnen und Bürger vergeblich warten. Die nötige Zuverlässigkeit kann dem Betreiber nicht attestiert werden". Das Umweltinstitut München e.V. fordert, von dem gefährlichen Projekt Abstand zu nehmen.
Zumindest müssten die Verantwortlichen dafür sorgen, dass die in der Genehmigung Enthaltene Auflage, den FRM-II auf nicht waffenfähigen, niedrig angereicherten Uran-Brennstoff umzurüsten, eingehalten wird.