Vor ca. 50 Jahren gab es im See ca. 500 Fischarten von denen 200 vom Aussterben bedroht sind. Auf den Märkten findet man nur noch drei der vormals 24 Fischarten. Einer der Gründe für diese drastischen Veränderungen ist die Eutrophierung des Sees. Nähr- und Schadstoffe gelangen aus den Abwässern und Abfällen der am See angesiedelten, expandierenden Industrien und Siedlungen in das Wasser.
Der in den 1960er Jahren eingeführte Viktoriabarsch führte zu der Störung des ökologischen Gleichgewichts sowie der Minderung der Artenvielfalt, denn als Raubfisch hat er andere Fischarten über die letzten Jahrzehnte fast vollständig ausgerottet. Auf der anderen Seite hat er zur wirtschaftlichen Verbesserung des Landes beigetragen, da die Nachfrage in Europa, Asien und Nordamerika nach dem Viktoriabarsch groß ist. Nun geht selbst der Bestand des bis zu 70 kg schweren Speisfischs rapide zurück. Im Jahr 2001 war der Fangerfolg von 175.000 Tonnen des Vorjahres auf 110.000 Tonnen zurückgegangen. "Nur eine nachhaltig ausgerichtete Fischerei und die Stärkung traditioneller Fischarten kann den Viktoriasee davor bewahren, seinen Fischreichtum völlig einzubüßen", sagt Stefan Hörmann, Projektleiter beim GNF.
Weite Uferbereiche am Viktoriasee sind mittlerweile wegen des steigenden Bedarfs nach Brennmaterial und Ackerland zerstört. Dadurch haben Erosion und Verschmutzung des Sees stark zugenommen. Lebensräume für viele Tiere wie die vom Sumpfpapyrus lebenden seltenen Flusspferde sind vernichtet.
Um diese Entwicklungen aufzuhalten, unterstützt der GNF mit einem von der Deutschen Gesellschaft für Technische Zusammenarbeit (gtz) und der Landesstiftung Baden-Württemberg geförderten Projekt die einheimischen Fischer durch Aufzeigen von Alternativen mittels Solarenergie und der Nutzung von energieeffizienten Fischräucheröfen. Zudem fördert der GNF den Erhalt von verbliebener Ufervegetation durch die Einrichtung von Schutzgebieten.
Der Global Nature Fund koordiniert das internationale Seenschutznetzwerk Living Lakes, dem 36 Seen weltweit angehören. Die Partnerorganistion OSIENALA (Freunde des Viktoriasees) unterstützen den Schutz des Sees z.B. durch Umweltbildungsprogramme und Mikrofinazierungsvorhaben für Fischer und ihre Familien. Die Arbeit des GNF ist ein wichtiger Beitrag im Rahmen des World Wetlands Day (Welt-Feuchtgebietstag), der dieses Jahr am 02. Februar 2005 stattfindet. Dieser Tag erinnert jedes Jahr an die Unterzeichnung des Ramsar-Abkommens im Jahr 1971 zum Schutz und Erhalt von Feuchtgebieten.