Der BUND kritisierte, das Verfahren über die A380-Werft sie rechtswidrig vom Verfahren über den Gesamtausbau des Flughafens abgetrennt worden. Alternative Standorte innerhalb des Flughafengeländes seien nicht beachtet worden.
Auch dürfe der besonders geschützte Bannwald nur für gemeinnützige Vorhaben gerodet werden. Doch die geplante A380-Werft sei nicht gemeinnützig, sondern nutze nur Privaten. Auch stehe deutsches und europäisches Naturschutzrecht der Genehmigung in vielen Punkten entgegen.
Die A380-Werft, mit der nach den Antragsunterlagen der Fraport AG keine Arbeitsplätze geschaffen würden, werde die Bestände des Hirschkäfers, der Bechsteinfledermaus und des in Hessen sehr seltenen Lebensraumtyps "Alte Eichen auf Sandboden" schädigen, kritisierte der BUND. Die Arten und der Lebensraum genössen einen besonders hohen Schutz, weil sie Teil des FFH-Gebietes "Mark- und Gundwald zwischen Walldorf und Rüsselsheim" seien. Zahlreiche weitere geschützte Tierarten, wie die Zauneidechse oder die Fledermausart "Kleiner Abendsegler", würden ebenfalls geschädigt. Unzulässig sind nach Meinung des BUND auch die drohenden Beeinträchtigungen für die Vogelwelt, die im Mark- und Gundwald nach der EU-Vogelschutzrichtlinie geschützt ist.