Die "Artikel-29-Gruppe" warnte insbesondere davor, dass eine flächendeckende Vorratsspeicherung von Kommunikationsdaten auch die Grundrechte auf freie Meinungsäußerung und auf ungehinderte Unterrichtung aus allgemein zugänglichen Quellen verletzen würde. Jede Auswertung von Internetadressen kann etwas über die Interessen, Vorlieben und politischen Präferenzen der Nutzer verraten.
Darüber hinaus bestünden "erhebliche Zweifel", ob der vorgeschlagene Rahmenbeschluss mit dem Recht auf Achtung des Privatlebens und der Korrespondenz der Europäischen Menschenrechtskonvention vereinbar sei. Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte hat betont, dass die Vertragsstaaten auch zur Bekämpfung des Terrorismus nicht jede Maßnahme beschließen dürfen, die sie für angemessen halten. Vielmehr muss es sich um Maßnahmen handeln, die in einer demokratischen Gesellschaft notwendig sind und dem Verhältnismäßigkeitsgrundsatz entsprechen. Die flächendeckende Speicherung aller Daten über die Nutzung öffentlicher Kommunikationsnetze schieße weit über das für die Vorbeugung und Verfolgung von Straftaten erforderliche Maß hinaus, kritisierte der Bundesbeauftragte für den Datenschutz, denn sie würde zur vollständigen Registrierung ganz überwiegend rechtstreuer Bürger führen.