Die Umweltverbände kritisieren vor allem, dass in Konflikten zwischen verschiedenen Ressorts und zwischen Bundesregierung bzw. Bundestag und Bundesrat der Umweltschutz zumeist das Nachsehen hat. Beispiele dafür sind der weitgehend gescheiterte Abbau ökologisch schädlicher Subventionen, der Streit um den Emissionshandel und die Auseinandersetzungen um Formen der artgerechten Nutztierhaltung.
Angelika Zahrnt, BUND-Vorsitzende "Es ist der Bundesregierung bisher nicht gelungen, soziale und steuerpolitische Reformen mit ökologischen Fragen zu verknüpfen. Nachhaltige Finanzen, Innovation und Umweltschutz gehören jedoch zusammen. Wirtschaftsminister Clement vernachlässigt ökologische Aspekte in der Chemie- und Energiepolitik. Gleiches gilt für Verkehrsminister Stolpe bei den Investitionen in Straße oder Schiene. Wenn sich diese Herangehensweise nicht ändert, wird Deutschland seine Nachhaltigkeitsziele niemals erreichen."
Ökologische Finanzreformen sind nach Ansicht des BUND besonders geeignet, um neue Arbeitsplätze zu schaffen, die Lohnnebenkosten zu senken und öffentliche Etats zu sanieren. Subventionen wie die Eigenheimzulage, die das Zersiedeln fördere, fehlende Steuern im Flugverkehr und die Dieselsteuerermäßigung schädigten hingegen Umwelt und Natur.
Für Greenpeace ist die Förderung Erneuerbarer Energien in Deutschland vorbildlich: "Weltweit gibt es kein Gesetz, das Erneuerbare Energien so stark fördert und zehn Tausende Arbeitsplätze schafft", erklärt Kampagnen-Geschäftsführer Roland Hipp. Für verfehlt hält die Umweltorganisation die Kohle- und Atompolitik sowie die Regulierung des Strommarktes. "Rot-Grün hat einfach zugesehen, wie die Energiekonzerne ihre Monopole bei den Stromnetzen missbrauchen. Überhöhte Netzgebühren treiben den Strompreis hoch, die Verbraucher werden abgezockt." Greenpeace sieht auch die Suche nach einem geeigneten Endlager für Atommüll gescheitert, obwohl sie Bestandteil der Koalitionsvereinbarung ist. Die Regierung folge fast immer dem Willen der Atomkonzerne und schaffe mit jedem Atomtransport nach Gorleben weitere Fakten für ein unsicheres Endlager.
Im neuen Gentechnikgesetz begrüßt Greenpeace zwar die Transparenz und die Haftungsregeln zum Schutz der gentechnikfreien Landwirtschaft. Ein schweres Versäumnis sei jedoch, dass niemand zur Verantwortung gezogen werde, wenn genmanipulierte Pflanzen die Umwelt schädigten. Auch bei den Kennzeichnungsregeln gebe es eine Lücke: Gen-veränderte Lebensmittel müssen zwar gekennzeichnet werden, nicht jedoch Milch, Eier und Fleisch von Tieren, die mit Genpflanzen gefüttert wurden. Zudem mache die Regierung mit der geplanten Umsetzung der umstrittenen EU-Richtlinie zur Patentierung von Lebewesen einen schweren Fehler: "Patente auf Embryonen, Gene, Tiere und Pflanzen darf es nicht geben", fordert Hipp.
NABU-Präsident Olaf Tschimpke kritisiert vor allem die Verkehrspolitik der Bundesregierung: "Der Bundesverkehrswegeplan ist eine Wunschliste zahlreicher Neubauprojekte, die oft am tatsächlichen Bedarf vorbei geplant werden. Es fehlt ein nachhaltiges, alle Verkehrsbereiche umfassendes Gesamtkonzept, das ökologische und finanzielle Ressourcen gleichermaßen berücksichtigt. Zusätzlich verzögert das Maut-Debakel die dringend notwendige Verlagerung des Güterverkehrs von der Straße auf die Schiene."
Besonders enttäuscht ist der NABU-Präsident über schwerwiegende Versäumnisse bei der Sicherung des Nationalen Naturerbes: "Vom Beschluss, 100 000 Hektar Naturfläche der früheren DDR an Verbände, Stiftungen und die Länder zu übertragen, sind lediglich 32 000 Hektar übrig. Das ursprüngliche Naturschutzvorhaben kann nur noch realisiert werden, wenn potenziell wertvolle Gebiete wie Truppenübungsplätze oder Bergbaufolgelandschaften einbezogen werden." Ein entschlosseneres Vorgehen fordern die Umweltverbände auch in der Flusspolitik. "Das nach der Flut im Sommer 2002 auf den Weg gebrachte Hochwasserschutzgesetz muss nun endlich ohne weitere Verwässerungen verabschiedet werden", sagt Tschimpke.
Die klimapolitische Bilanz von Rot-Grün fällt nach Einschätzung des WWF eher durchwachsen aus. WWF-Geschäftsführer Peter Prokosch kritisiert insbesondere das enttäuschende Ergebnis beim Emissionshandel. Der nationale Allokationsplan entspreche weder in seinen Zielen bei der Emissionsminderung, noch in seiner Struktur den Ansprüchen der Zukunftsfähigkeit. "Während man mit den Ausgestaltungsregeln des Emissionshandels die großen Verschmutzer laufen lässt, wird den kleinen Leuten beim Klimaschutz die Zeche aufgebrummt," so Prokosch. Hier müsse beim zweiten nationalen Allokationsplan dringend nachgebessert werden.
DNR-Präsident Hubert Weinzierl bewertet die Umweltpolitik der Bundesregierung so: "Trotz einiger guter Ansätze bei der Förderung Erneuerbarer Energien und in der Agrarwende ist es der Bundesregierung nicht gelungen, den Gedanken der Nachhaltigkeit als Querschnittsthema in alle Politikbereiche zu integrieren. Der `rote Faden der Nachhaltigkeit`, von dem der Bundeskanzler gern spricht, wird überhaupt nicht erkennbar."
Nicht nachhaltig sei vor allem die Stromerzeugung und -nutzung hauptsächlich auf der Basis fossiler Energien. Das bis 2020 anvisierte 40-prozentige CO2-Minderungsziel sei so nicht erreichbar. Notwendig seien drastische Energieeinsparungen, die Steigerung der Energieeffizienz z.B. durch Kraft-Wärme-Koppelung, ein energetisches Altbausanierungsprogramm sowie der entschlossene weitere Ausbau Erneuerbarer Energien.