Eine in Auszügen veröffentlichte Studie der Hochschule Vechta war zu dem Schluss gekommen, das "die möglichen Missverständnisse, die sich aus der Bezeichnung 'Qualität und Sicherheit' ergeben" nicht "weiter verstärkt werden" dürften. Ein Report der QS-GmbH räumte nun ein, dass es sich bei dem QS-Prüfzeichen nicht um ein Qualitätssiegel handele. Das Zeichen solle jetzt nur noch für "geprüfte Qualitätssicherung" stehen.
Im Januar 2004 hatte die Verbraucherorganisation foodwatch in dem Report "Auf der Suche nach der versprochenen Qualität" das QS-Zeichen kritisch unter die Lupe genommen. "Weder die Qualitäts- noch die Sicherheitsversprechungen können eingelöst werden", bilanzierte Wolfschmidt. Lückenhafte Kontrollen bemängelte foodwatch ebenso wie die überwiegende Ausrichtung an gesetzlichen Standards. Weder Tiere auf Betonspaltenböden noch gentechnisch verändertes Futter seien Hindernisse für die Vergabe des QS-Zeichens, so foodwatch.
Besondere Sicherheitsprobleme machte foodwatch im Bereich Futtermittel beim QS-System aus. Im Frühjahr 2003 war Dioxin-belastetes Grünfutter in mehreren Bundesländern an QS-Betriebe gegangen. Auch der jüngste Fall von PCB- und Dioxin-belasteten Futtermitteln in Hessen und Sachsen betreffe Agrarbetriebe, die als QS-geprüft gelten, wie foodwatch-Recherchen ergaben. Zudem habe es Anfang 2004 auch bei QS-zertifizierten Schlachthöfen Schlampereien bei BSE-Tests gegeben.
Das QS-Prüfzeichen wird vom Deutschen Bauernverband, dem Raiffeisenverband sowie von Verbänden der Fleischwirtschaft und den großen Lebensmittelketten getragen. Nach der BSE-Krise wollte man mit dem Siegel das Vertrauen der Verbraucher wieder gewinnen und den Fleischverbrauch wieder ankurbeln.