"Wo keine Gentechnik drin ist, darf auch nicht Gentechnik drauf stehen", sagt Carmen Ulmen, Gentechniksprecherin von Greenpeace. Sie bezeichnet das Verhalten des Konzerns als Sabotage an einem gentechnikfreien Markt für Futtermittel. Er verknappe die Ware künstlich - zum Schaden der Landwirte und Verbraucher. Bunge liefert das Sojaschrot an die Futtermittelindustrie, die es zu Futter für Schweine, Milchkühe und Hühner verarbeitet. Der Streit um Futtermittel ist für die Verbraucher wichtig, da Milch, Eier und Fleisch als einzige Lebensmittel nicht gekennzeichnet werden müssen, wenn gentechnische Pflanzen bei der Produktion eingesetzt wurden.
Dadurch, dass Bunge nur einen kleinen Teil seiner Produktion als gentechnikfrei deklariert, legt er die anfallenden Mehrkosten für eine gentechnikfreie Produktion, wie getrennte Lagerung, auch nur auf diesen kleinen Teil um. Die Folge ist, dass der Konzern für jede Tonne Sojaschrot ohne Gentechnik vier Euro mehr kassiert. Ulmen erklärt: "Bunge hält den Preis für Futter ohne Gen-Soja künstlich hoch und macht es zum Nischenprodukt." Landwirte, die gentechnikfreie Soja wollen, würden mit willkürlich festgesetzten Preisen abgeschreckt.
Die Ölmühle hat im April 2004 komplett auf die Verarbeitung zertifizierter gentechnikfreier Soja umgestellt. Dabei handelt es sich um so genannte Hard-IP (Identity Preservation) Soja, deren Herkunft zurückverfolgt werden kann bis ins gentechnikfreie Nordbrasilien. Daraus stellt Bunge gentechnikfreies Soja-Öl für die Lebensmittelindustrie her, Sojaschrot ist das Nebenprodukt.