Die Brücke gefährde eine wichtige Zugvogelroute und ein empfindliches Naturschutzgebiet. Statt sinnvolle Verkehrskonzepte zu entwickeln fördere die Bundesregierung wie die EU überteuerte Großprojekte mit zweifelhaftem Nutzen. Die Minister sagten, eine gute technische Lösung wäre eine Schrägseilbrücke mit vierstreifiger Autobahn und zwei Eisenbahngleisen. Alternative wäre ein Absenktunnel. Beide Minister beschlossen, dass vor der endgültigen Wahl der technischen Lösung vertiefende Untersuchungen zur Frage der Umweltauswirkungen sowie Sicherheits- und Schifffahrtsaspekten durchgeführt werden sollen.
BUND-Bundesgeschäftsführer Gerhard Timm: "Offensichtlich werden auf EU-Ebene dieselben Fehler gemacht wie auf der nationalen: Statt die europäischen Verkehrsströme nach ökologischen und finanzierbaren Kriterien zu lenken beschränkt sich die EU auf die Förderung von Wunschprojekten ihrer Mitgliedsländer. Diese berufen sich bei Kritik an teuren Großbauten regelmäßig auf die EU-Förderung. Das Beispiel der Öresund-Brücke von Dänemark nach Schweden zeigt aber, dass die Kosten für die Steuerzahler am Ende weit über der Planung liegen. Das tatsächliche Verkehrsaufkommen hingegen liegt weit darunter."
Der BUND plädiert für umweltfreundlichere und kostengünstigere Alternativen zur geplanten Brücke. Der gut ausgebaute Fährverkehr zwischen Fehmarn und Dänemark könne weiter optimiert werden. Außerdem ließen sich so viele Arbeitsplätze in der Fähr- und Tourismusbranche dauerhaft sichern.