Das Europaparlament hatte zuvor mehrfach gegen diese Vereinbarung Datenschutzbedenken geäußert und beschlossen, den Europäischen Gerichtshof um eine Stellungnahme zu bitten. Auch nach Ansicht der Vereinigung für Datenschutz verstößt die Vereinbarung gegen völker-, europa- und verfassungsrechtlich festgelegte Datenschutzgrundsätze: Art und Umfang der Daten seien zur Terrorabwehr weder geeignet noch erforderlich. Eine Zweckbindung der Daten werde von den USA effektiv nicht gewährleistet. Darüber hinaus seien die Löschungsregelungen unzureichend. Eine unabhängige Datenschutzkontrolle finde in den USA nicht statt. Die Folge sei, dass unbescholtene Menschen in US-Dateien zur Terrorbekämpfung gespeichert würden, potentiell mit der Folge der Abweisung an der Grenze, der Verhaftung oder der polizeilichen Maßregelung.
"Die Vereinbarung stellt Fluggäste rechtlos. Sie ist zugleich eine Unterwerfung Europas unter die völlig verfehlte Sicherheitspolitik der gegenwärtigen US-Regierung, die keine rechtsstaatlichen Grenzen mehr kennt.", so DVD- Vorstandsmitglied Rechtsanwalt Sönke Hilbrans. Die Behauptung der EU- Kommission, es gäbe keine Alternative zur Datenweitergabe wegen der Drohung des Entzugs der Landerechte, sei nicht nur falsch, denn sich weigernde Fluggesellschaften dürfen weiterhin in den USA landen. Außerdem gebe die Kommission auf Kosten der Bürgerrechte einer Erpressung nach. Statt den Fluggesellschaften gegen die absurden Maßnahmen den Rücken zu stärken, würden EU und deutsche Bundesregierung den eigenen Unternehmen in den Rücken fallen, so die Kritik. Damit werde die internationale Durchsetzung eines hohen Datenschutzniveaus "nachhaltig gefährdet".