Der von den Verbänden erstellte Alternativentwurf setzt die Leitlinien für die Koexistenz gentechnisch veränderter konventioneller und ökologischer Kulturen, die die EU-Kommission im Juli 2003 vorgelegt hat, voll um. "Unser wichtigstes Anliegen ist es aufzuzeigen, wie die konkreten Vorschriften aussehen müssen, damit auch in Zukunft und auf Dauer gentechnikfreier Vertragsanbau, Ökolandbau oder gentechnikfreie Imkerei möglich bleiben", sagten Vertreter von DNR und BUND. Die folgenden Details sind im Bundesgesetz derzeit nicht oder unzureichend geregelt.
Die Freisetzung von gentechnisch verändertem Raps sowie Sonnenblumen muss generell untersagt werden. Bei Raps gibt es eine Vielzahl verwandter Wildarten in Deutschland, so dass ein Auskreuzen und eine Weiterverbreitung des genmanipulierten Erbgutes nicht verhindert werden kann. Rapspollen werden durch Wind über weite Strecken verbreitet. Bei Sonnenblumen als Bienenweidepflanzen kann der Eintrag genveränderter Pollen in den Honig durch keine Schutzmaßnahme verhindert werden, das betrifft gleichermaßen den Raps.
Um gentechnikfreien Vertragsanbau, Imkerei, Ökolandbau und Schutzgebiete nach Naturschutzrecht zu sichern, muss ein Sicherheitsabstand zu Feldern mit gentechnisch veränderten Anbau eingehalten werden. Diese Abstände werden für Mais, Kartoffeln, Rüben und Weizen festgelegt und betragen zwischen 150 m und 5.000 m.
Bei der Ernte bleibt am Feld immer Saatgut zurück, das im nächsten Jahr zum Durchwuchs kommen kann. Um zu verhindern, dass es aufgrund des Durchwuchses von genmanipulierten Pflanzen zu einem Vermischen mit gentechnikfreien Sorten kommt, darf die gleiche Fläche im nächsten Jahr nicht landwirtschaftlich genutzt werden.
Um das Sammeln von genmanipulierten Pollen durch Bienen zu erschweren, sind bei Mais, Rüben und Weizen Mantelsaaten von 10 m Breite mit mindestens 15 Prozent Flächenanteil mit derselben gentechnikfreien Sorte vorzuschreiben. Maschinen und Geräte, die mit gentechnisch veränderten Pflanzen in Berührung kommen, müssen dekontaminiert werden und der Reinigungsvorgang mit einem entsprechenden Zertifikat dokumentiert werden.
Damit weitere individuelle Schutzmaßnahmen getroffen werden können, muss der Freisetzer von gentechnisch veränderten Pflanzen seine Absicht mindestens sechs Monate vor Beginn der Freisetzung in der betroffenen Gemeinde bekannt machen und die Nachbarn informieren. Schäden durch den Eintrag von GVO sind durch den Betreiber zu entschädigen. Sind mehrere Betreiber in einer Region, so haften diese gesamtschuldnerisch. Im Gesetzentwurf werden neben den betroffenen Nachbarn auch den Gemeinden und Naturschutzverbänden Klagerechte eingeräumt.
DNR und BUND verlangen von der rot-grünen Regierungskoalition Nachbesserungen am Gentechnikgesetzentwurf. "Die Glaubwürdigkeit der rot-grünen Politiker steht jetzt auf dem Prüfstand", so Hubert Weiger, Landesvorsitzender des BN und agrarpolitischer Sprecher des BUND. Die Grenzen der Freiheit des Einzelnen enden dort, wo die Freiheit des anderen beginnt, nur so kann gentechnikfreier Anbau und Imkerei gesichert werden.