Die Städte, in denen die Vertriebenen Zuflucht suchen, verfügen oft nicht einmal über die notwendigsten Bedingungen, um das Überleben der Menschen zu garantieren. ÄRZTE OHNE GRENZEN hat daher in Amuria, in der Provinz Soroti, ein medizinisches Nothilfeprojekt gestartet. In dieser Stadt leben normalerweise 2.000 Einwohner, seit Juni 2003 sind jedoch etwa 33.000 Vertriebene hierher geflohen.
Sowohl die Zahl der Unterernährten als auch die Sterblichkeitsrate von Kindern unter fünf Jahren liegen deutlich über der so genannten Notfallschwelle. Das medizinische Personal des einzigen Gesundheitszentrums von Amuria hat aus Furcht vor Angriffen die Stadt verlassen. Die Wasserversorgung ist zusammengebrochen, und seit Mitte Oktober vergangenen Jahres hat es keine Nahrungsmittelverteilung mehr gegeben. Die Zufahrtstraßen nach Amuria wurden zudem wiederholt mit Granaten beschossen. Ohne humanitäre Hilfe können die Menschen dort kaum überleben.
In der nordwestlich angrenzenden Provinz Lira haben seit den Angriffen im November rund 230.000 Menschen in etwa 50 Notlagern Zuflucht gesucht. Allerdings sind nur einige dieser Lager in der gleichnamigen Stadt Lira für humanitäre Organisationen zugänglich. Hier leben rund 80.000 Vertriebene. ÄRZTE OHNE GRENZEN betreut eine mobile Klinik, ein stationäres Ernährungszentrum, ein ambulantes Ernährungs-programm für 1.400 Kinder und kümmert sich um die Wasser- und Sanitärversorgung. Da die Zahl der schwer Unterernährten steigt, ist ein weiteres Ernährungszentrum mit stationärer Versorgung geplant. Die Organisation hat aus Sicherheitsgründen kaum Zugang zu den Lagern außerhalb der Stadt.
In der Stadt Gulu, westlich von Lira, suchen etwa 15.000 Kinder aus der Umgebung nachts Schutz vor Entführungen, Vergewaltigungen und anderen Gewalttaten. Diese so genannten "Nachtpendler" schlafen unter freiem Himmel. Tagsüber kehren sie in ihre Dörfer zurück. Seit Dezember 2003 versorgt Ärzte ohne Grenzen etwa 3.000 dieser Kinder, die aufgrund der mangelnden Hygiene vor allem unter Parasiten leiden. Außerdem versuchen die Teams, immer wieder in die Lager außerhalb Gulus zu gelangen, um die Vertriebenen medizinisch zu versorgen.