Das Öko-Institut nannte den Gesetzentwurf einen "ersten Schritt". Erforderlich seien aber Verbesserungen in wesentlichen Punkten, speziell bei den Haftungsregelungen sowie den Regeln zum Umgang mit in Verkehr gebrachten Produkten. So verhindere der Gesetzentwurf den "Krieg auf den Dörfern" nicht, sondern mildere ihn nur ab. Die Probleme und Konflikte würden allein bei den Landwirten angesiedelt. Denn der Bauer, der ungewollt gentechnisch veränderte Anteile in seinem Erntegut findet, muss Gewinnausfälle bei seinem Gentechnik-Nachbarn einklagen. Er trägt die volle Beweislast und zudem das Risiko der Rechtsverfolgung. Verliert er vor Gericht, muss er die Kosten des Rechtsstreits übernehmen. Das Institut plädiert bei einer GVO-Verunreinigung der Ernte dafür, einen Haftungsfonds einzurichten, mit dem die Betroffenen entschädigt werden könnten.
Auch die vorgesehenen Sicherheitsabstände hält das unabhängige Forschungsinstitut für nicht ausreichend. Die WissenschaftlerInnen empfehlen, zusätzlich zwei Grundsätze aufzunehmen. So sollte der Anbau von gentechnisch veränderten Pflanzen oder die Haltung von GVO-Tieren unzulässig sein, wenn die Koexistenz im Einzelfall nicht gewährleistet werden kann. Zudem spricht sich das Institut für ein generelles Minimierungsgebot aus. Das bedeutet: Die Risiken, die von transgenen Pflanzen oder Tieren ausgehen, müssen so gering wie möglich gehalten werden. Damit die Einhaltung der Regeln gewährleistet wird, sollten sich die Verwender von genmanipulierter Organismen zudem einem neu zu schaffenden Zertifizierungssystem unterstellen.
In ökologisch sensiblen Gebieten müsste nach Ansicht des Öko-Instituts der Anbau von Gen-Pflanzen grundsätzlich verboten werden. Der Gesetzentwurf sieht dagegen nur eine Anzeigepflicht vor, nur in Ausnahmefällen wäre ein Verbot möglich. Zudem fordern die Forscher, komplett gentechnik-freie Zonen zu ermöglichen.
Der Gesetzentwurf siehe die Beteiligung der Öffentlichkeit nur vor, wenn gentechnisch veränderte Pflanzen experimentell freigesetzt werden. Dies gilt indes nicht beim so genannten "Inverkehrbringen". Das heißt, die viel weiter gehende Entscheidung über die Vermarktung wird ohne die Öffentlichkeit getroffen. Dieser Widerspruch muss nach Ansicht des Instituts aufgehoben werden.
Der Deutsche Naturschutzring, der Dachverband der anerkannten Naturschutzverbände, forderte, die Bundesregierung solle sich ein Beispiel an der Kärntner Landesregierung nehmen, die in ihrem Gesetz den Anbau von gentechnisch veränderten Nutzpflanzen in Naturschutzgebieten und in ökologisch sensiblen Lebensräumen wie Mooren und Auwäldern verbiete. Während das Kärntner Gentechnik-Vorsorgegesetz einer gentechnikfreien Landwirtschaft sowohl beim konventionellen als auch beim ökologischen Anbau Vorrang gegenüber einer Gentechniklandwirtschaft einräume, lasse der Künast-Entwurf den Anbau von Gentechnik-Pflanzen in Deutschland ohne strenge Anforderungen zu. Bezeichnend ist nach Auffassung des DNR, dass die seit über 10 Jahren angekündigte Deckungsvorsorge zur Abdeckung der von Freisetzungen verursachten Schäden, bis heute nicht vorliegt.