Die Verordnung legt Mindeststandards für den ökologischen Landbau fest und regelt wie ökologische Lebensmittel produziert, verarbeitet, gehandelt und kontrolliert werden. Zu den Bestimmungen gehörten unter anderem der Verzicht auf chemisch-synthetische Pflanzenschutzmittel und mineralischen Stickstoffdünger, sowie artgerechte Tierhaltung. Mit der Verordnung würden auch die Begriffe bio, öko, aus ökologischem und biologischem Anbau gesetzlich geschätzt, so der Verein. Unabhängige, staatliche anerkannte Kontrollstellen überprüften regelmäßig die Einhaltung der Kriterien.
Zwei Jahre nach seiner Einführung könne das Bio-Siegel auf einen erfolgreichen Start zurückblicken. Es sei Ausdruck einer Neuorientierung in der Agrarpolitik und leiste einen Beitrag, die Marktanteile von ökologischen Lebensmitteln zu erweitern. Die Verbandszeichen der ökologischen Anbauverbände und die Bio-Eigenmarken des Handels würden dabei mit dem Bio-Siegel ergänzt. Ende August 2003 seien bereits über 18.000 Bio-Produkte von 900 Unternehmen mit dem Bio-Siegel zertifiziert gewesen.