Im Jahr 2002 verkehrten nur noch 1,5 Schiffe im Monat auf der Strecke. Außerdem habe die Schiene freie Kapazitäten! Der 100 Millionen Euro teure Kanal ist - wie die bereits kanalisierte Saale ab Halle - für den ganzjährigen Schiffsverkehr mit Europaschiffen dimensioniert. Der Saale-Elbe-Kanal macht nur Sinn, wenn anschließend auch die Elbe kanalisiert wird. Bislang können auf der Elbe nur zur Hälfte des Jahres Europaschiffe (2,50 m Tauchtiefe) fahren. Käme der milliardenschwere Elbausbau nicht, bliebe der Saale-Elbe-Kanal ein Geisterkanal ohne Schiffe – eine Fehlinvestition.
Dieser Kanal widerspreche auch einer vorsorgenden Hochwasserschutzpolitik. Er soll in bestehende und potentielle Überflutungsräume hineingebaut werden. Eine sinnvolle Erweiterung der Überflutungsräume würde damit auf Dauer vereitelt werden. Dieser Kanal wäre ein Rückfall in die alte Flusspolitik und ein Verstoß gegen das Fünf-Punkte-Programm zum Hochwasserschutz der Bundesregierung vom September 2002. Denn darin war festgelegt worden, dass potentielle Überflutungsbereiche von Bebauungen freizuhalten sind. Der Kanal dürfe daher in der geplanten Form auf keinen Fall in den Bundesverkehrswegeplan Eingang finden. Viel sinnvoller wäre es, die Mittel und Kapazitäten - statt in den weiteren Wasserstraßenausbau - in den vorsorgenden Hochwasserschutz zu investieren.