Aus Sicht des vzbv wird das QS-Prüfzeichen seinem Anspruch als aussagekräftiges Label für Qualität und Sicherheit (QS) nicht gerecht. "Bei dem neuen QS-Zeichen handelt es sich lediglich um ein Prüfzeichen zur Kontrolle der Produktionskette", so Thomas Isenberg, Leiter Fachbereich Gesundheit/Ernährung des vzbv. Kriterien zur Tierhaltung insbesondere in Hinblick auf den Tierschutz fehlten in dem Konzept ebenso wie Einschränkungen hinsichtlich des Einsatzes von Gentechnik. Zudem sei für den Verbraucher nicht erkennbar, ob der Betrieb die QS-Anforderungen vollständig oder nur teilweise erfülle.
In Bezug auf die Vergabekriterien kritisierte der vzbv vor allem die Tatsache, dass in der Einführungsphase bei Verbänden, Gemeinschaften, Zentralen - sogenannten Bündlern - auch diejenigen Betriebe bereits unter dem QS-Siegel vermarkten dürfen, die noch gar nicht überprüft worden sind. Dazu müssen lediglich 10 % der angeschlossenen Betriebe überprüft und zugelassen sein. Zudem bemängelt der vzbv das Fehlen von Sanktionskriterien. Auch Kontrollen würden nicht häufig genug durchgeführt.
Diese Punkte seien jedoch von zentraler Bedeutung und notwendige Voraussetzung für die Orientierung von Landwirten, Verarbeitern und Verbrauchern. Konkret fordert der vzbv des Weiteren ein vollständiges Verbot von antibiotischen Leistungsförderern (während der gesamten Lebensdauer der Tiere), ein Resistenzmanagement für Antibiotika, einen Perspektivenplan für die Verbesserung der Tierhaltungsbedingungen durch großzügigeres Platzangebot und ein Verbot von Vollspaltenböden und Anbindehaltung sowie eine Reduzierung der zulässigen Transportzeit auf 4 Stunden. Ausserdem sollte ein Perspektivenplan für die Verfütterung von Futtermitteln ohne gentechnisch veränderte Organismen aufgestellt werden sowie eine Kennzeichnung der Tierarten bei Zutaten tierischen Ursprungs und die chargenweise Rückverfolgbarkeit bei Schweinefleisch.
Neben diesen grundsätzlichen Mängeln am QS-Konzept nennt Thomas Isenberg als positive Ansätze das Verbot von Antibiotika als Leistungsförderer in der Mast ("leider nicht von Geburt an"), eine Positivliste der Futterinhaltsstoffe sowie die Verpflichtung der Benennung eines Vertragstierarztes - "Maßnahmen also, die über den gesetzlichen Regelungen liegen".