Ihre gesetzlich festgelegte Aufgabe ist die Untersuchung von Unfällen und Störungen beim Betrieb ziviler Luftfahrzeuge. Diese müssen völlig eigenständig durch die Bundesstelle vorgenommen werden, insbesondere ohne eine Einflussnahme von Dritten. Ziel ist ausschließlich, Erkenntnisse zu gewinnen, mit denen künftige Unfälle und Störungen verhütet werden können. Die Untersuchung dient nicht der Feststellung des Verschuldens, der Haftung oder von Ansprüchen.
Unfälle und Störungen müssen nach Paragraph 5 der Luftverkehrsordnung (§5 LuftVO) der BFU gemeldet und in einem einheitlichen Formblatt angezeigt werden. Dies gilt auch für Unfälle deutscher Luftfahrzeuge außerhalb Deutschlands sowie für Unfälle ausländischer Luftfahrzeuge, die zurzeit des Ereignisses von deutschen Luftfahrtunternehmen aufgrund eines Haltervertrages betrieben werden.
Darüber hinaus gibt die BFU monatlich ein Bulletin über registrierte Unfälle und schwere Störungen heraus.