Nach Erkenntnissen der Bundesstelle für Flugunfalluntersuchung (BFU) waren die Piloten der Tupolew der Bashkirian Airlines 50 Sekunden vor dem Zusammenstoß von der zuständigen Schweizer Flugsicherung gewarnt worden. Es gab aber keine Reaktion. Nach einem zweiten Notruf begann die Maschine 25 Sekunden vor dem Crash mit einem Sinkflug. Allerdings fing kurze Zeit später auch die Boeing aufgrund eines automatischen Warnsystems mit einem Sinkflug an. Warum dies geschah, ist den Angaben zufolge noch unklar.
Wie der Leiter der Schweizer Flugsicherung skyguide, Anton Maag, in Zürich sagte, reagierte der Pilot der russischen Maschine "nicht sofort" auf die Bodenkontrolle. Die Flugsicherung habe der russischen Maschine gegen 23.35 Uhr die Anweisung gegeben, das Flugzeug von einer Flughöhe von 36.000 Fuß (11.500 Meter) auf 35.000 Fuß abzusenken.
Skyguide hat nach eigenen Angaben nur dem russischen Piloten direkte Anweisungen per Funkverkehr gegeben. Die mit zwei Piloten besetzte Frachtmaschine des Paketdienstes DHL Worldwide Express sei nicht auf einen anderen Kurs dirigiert worden. Maag trat Kritik entgegen, dass die Warnung an das russische Flugzeug zu spät erfolgt sei. Ein Zeitfenster von einer Minute bei einem drohenden Zusammenstoß sei normaler Standard und reiche aus, um ein entsprechendes Ausweichmanöver einzuleiten.
An Bord der TU 154 auf dem Weg von Moskau nach Barcelona befanden sich laut Fluggesellschaft 57 Passagiere und 12 Besatzungsmitglieder. Nach Angaben von Baden-Württembergs Polizeipräsident Erwin Hetgerder waren darunter 52 Kinder aus Ufa, der Hauptstadt Baschkortostans, die meisten im Alter von 12 bis 18 Jahren. Sie waren auf den Weg in den Urlaub und wollten an einem Unesco-Festival teilnehmen. Die gefundenen Leichen sollen in Friedrichshafen identifiziert werden.
Die Helfer entdeckten bei den Bergungsarbeiten vier Fundorte, wo sich "konzentriert" Leichenteile befanden. In einem Wrackteil der russischen Tupolew wurden Tote gefunden, die noch angeschnallt in ihren Sitzen saßen. Den Angaben der Polizei zufolge gab es ferner 57 Fundorte von Wrack- und Gepäckteilen. Bei den Bergungsarbeiten waren rund 800 Polizisten und 540 freiwillige Helfer im Einsatz.
Bundesverkehrsminister Kurt Bodewig (SPD), der sich vor Ort ein Bild von den Ausmaßen der Katastrophe machte, sagte, man bemühe sich um schnellst mögliche Aufklärung. Dem russischen Generalkonsul Sergej Jurjewitsch Netschajew zufolge sollte am Abend eine russische Expertenkommission in Deuschland eintreffen. Es werde noch darüber beraten, wann eine Abordnung von Familienangehörigen der Opfer nach Friedrichshafen komme.