In der Dauerausstellung sind auf 3000 Quadratmetern in den verwinkelten Gängen fast 4000 Objekte vereint. Von den 1650 originalen Ausstellungsstücken sind 600 Leihgaben. In 13 Epochenbildern geht die Schau weitgehend chronologisch und sehr detailliert den Spuren jüdischen Lebens nach. Den Beginn markiert eine Urkunde aus dem Jahr 321, die die Existenz einer jüdischen Gemeinde in Köln belegt. In so genannten Achsen werden Holocaust (diese Achse mündet in den Holocaust-Turm) und Exil thematisiert. An unwiederbringlich Verlorenes erinnert die "Galerie der verschwundenen Dinge".
Zu der Sammlung tragen Menschen aus aller Welt bei. Das Museum sammelt nach eigenen Angaben "alle Arten von Zeugnissen aus allen Materialien und aus allen Epochen, Kunstwerke ebenso wie Alltagsgegenstände: Familienfotos und -dokumente, Zeremonialobjekte, Gemälde, Fotografien, Grafiken, Kunstgewerbe, Skulpturen, Architekturmodelle, Postkarten, Möbel, wertvolle Bücher, Handschriften, Textilien, Porzellan, Toraschmuck, Porträts, Ansichten von Synagogen und vieles mehr".