Die umweltpolitische Sprecherin der PDS-Fraktion und bayerische Abgeordnete Eva Bulling-Schröter begrüßte vor allem die Entscheidung gegen Staustufen: „Die Entscheidung, Bundesmittel nur für einen sanften Ausbau in Niederbayern bereitzustellen, ist aber vor allem dem Druck einer Allianz von Umweltverbänden, Bürgervereinigungen sowie BürgermeisterInnen vor Ort zu verdanken. Die Schifffahrt wird auch mit sanften flussbaulichen Maßnahmen deutlich verbessert werden. Und dies ohne einmalige Biotope zu zerstören. Zudem fast eine halbe Milliarde € billiger.“
Rezzo Schlauch, Fraktionsvorsitzender, und Albert Schmidt, verkehrspolitischer Sprecher der Bundestagsfraktion Bündnis 90 / Die Grünen hoben hervor, dass der „sanfte“ Flussausbau mit einem Nutzen-Kosten-Faktor von 8,3 die mit Abstand wirtschaftlichste Variante sei und über 90% des Verkehrs aufnehmen könne.
Auch die Naturschutzverbände Nabu und LBV begrüßten den rot-grünen Beschluss. "Der jahrelange beharrliche Einsatz von Naturschützern, Landwirten und Bürgern hat sich gelohnt", freute sich Ludwig Sothmann, Vorsitzender des Landesbund für Vogelschutz in Bayern (LBV). "Nun wird die Donau auch weiterhin der europaweit bedeutsame Lebensraum für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten bleiben können."
Auch NABU-Bundesgeschäftsführer Gerd Billen zeigte sich hocherfreut über die Entscheidung:" Dies ist ein wichtiger Schritt mit einer Signalwirkung für den künftigen Umgang mit allen Fließgewässern in Deutschland." Es sei zu hoffen, dass Rot-Grün sich jetzt auch an der Elbe oder am Rhein engagiert für eine umweltgerechte Entwicklung einsetzen werde.
Als einen Sieg der Vernunft hat der Präsident des Deutschen Naturschutzrings (DNR), Hubert Weinzierl, die heutige
Grundsatzentscheidung der Bundestagsfraktionen von SPD und Grünen zum Donauausbau zwischen Straubing und Vilshofen bezeichnet. "Mit der Entscheidung, Bundesmittel nur für einen Donauausbau ohne Staustufen zur Verfügung zu stellen, beweist die Regierungskoalition Verantwortung gegenüber der Schöpfung und gegenüber zukünftigen Generationen," sagte Weinzierl in Wiesenfelden (Niederbayern). Es sei nicht nur ökologisch, sondern auch ökonomisch die beste Entscheidung, weil der Ausbau so am preiswertesten und sofort realisierbar sei. Er appellierte an den bayerischen Ministerpräsidenten Edmund Stoiber, die Entscheidung der Donau zuliebe zu respektieren. "Dieser Fluss ist zu wertvoll für Parteienstreit und Wahlkampfgetöse," mahnte Weinzierl.