Ziel des Protokolls ist, die weltweite CO2-Reduktion in der ersten Erfüllungsperiode von 2008 bis 2012 unter das Niveau von 1990 zu senken. Das Protokoll kann in Kraft treten, wenn es mindestens 55 Vertragsstaaten ratifizieren, die zugleich für 55 Prozent der weltweiten CO2-Emission verantwortlich sein müssen. Nach dem "Nein" der USA zu dem Abkommen war Japan eine Schlüsselrolle zugefallen.
Zwei Mal legte der Präsident des Weltklimagipfels in Bonn, Jan Pronk, auf der Konferenz einen politischen Kompromiss zum Kyoto-Protokoll vor. Mit seinem letzten Vorstoß konnte er die Kritiker, allen voran die Staaten der so genannten Umbrella-Gruppe, Japan, Kanada, Australien und Russland, zum Einstieg in die Minderung der Treibhausgase gewinnen.
Strittig war in Bonn bis zuletzt die Verbindlichkeit eines Strafmechanismus, wenn die Länder ihre CO2-Reduktionsverpflichtung nicht einhalten. Die Umbrella-Gruppe hatte ein völkerrechtlich verbindliches Kontrollsystem abgelehnt und auf die Streichung des letzten Paragrafen in Pronks ursprünglichem Vorschlag bestanden. Darin hatte der Niederländer die Annahme eines rechtlich verbindlichen Kontrollsystems empfohlen. In seinem Zugeständnis zog Pronk die Spezifizierung zurück und setzte Artikel 18 des ursprünglichen Kyoto-Protokolls wieder in Kraft. Danach soll eine Zuwiderhandlung zwar verbindliche Folgen haben, diese müssten aber separat geregelt werden.
Herausgestrichen wurde außerdem der Zusatz, dass bei einer Nicht-Einhaltung der Reduktionsziele der dadurch entstandene Schaden an der Natur wieder gutgemacht werden müsse. Dagegen blieb es dabei, dass für jede Tonne CO2, mit der ein Land sein Reduktionsziel in der ersten Erfüllungsperiode von 2008 bis 2012 überschreitet, in der darauffolgenden Periode 1,3 Tonnen CO2 zusätzlich einsparen muss.
Ebenfalls unberührt blieb der Passus zur Berufung von Mitgliedern für das Kontroll-Gremium. Laut Pronk sollen dazu zwei Mitglieder der Industrie- und zwei der Entwicklungsländer bestellt werden. Ursprünglich hatte die Umbrella-Gruppe moniert, dass die Entwicklungsländer, die im Kyoto-Protokoll selbst nicht zu einer CO2-Reduzierung verpflichtet wurden, einen zu starken Einfluss in dem Gremium haben könnten.
Mit dem Kyoto-Protokoll in Ergänzung mit Pronks erstem Kompromiss wird den Vertragsstaaten ferner die Möglichkeit des Emissions-Handels, der Anrechnung von Wäldern und Agrarflächen als CO2-bindenden Senken sowie Investitionen von umweltschützenden Maßnahmen in anderen Ländern ermöglicht. Senken im Ausland könne nur bis zu einem bestimmten Limit und nur als Aufforstungen in das Klimaschutzkonto eines jedes Landes einfließen.
Einigung konnte Pronk auch mit seinem Vorschlag bei der Unterstützung von Entwicklungsländern erreichen. Dazu schlug er die Einrichtung von insgesamt drei Fonds vor. Wer wie viel in diese Fonds einzahlen muss, ist offen. Einige Länder, darunter die EU-Staaten, Kanada, Neuseeland und die Schweiz, kündigten aber bereits breite Unterstützung an.
EU-Umweltkommissarin Margot Wallström unterstrich, die EU habe noch viele Kritikpunkte an dem Kompromiss. Sie sei aber einen "Handel" eingegangen, um den Klimaschutzprozess in Gang zu setzen. EU-Verhandlungsführer Olivier Deleuze sagte, ihm sei ein "unvollständiges Protokoll, das Leben hat", lieber als ein "perfektes, das es nicht gibt".
Die Klimaexpertin der Umweltschutzorganisation WWF, Jennifer Morgan, forderte die Staaten auf, jetzt rasch in den Ratifizierungsprozess für das Kyoto-Protokoll einzutreten. Die Ergänzung zum Kyoto-Protokoll soll formal im Oktober in Marakesh unterzeichnet werden.