Am 27. Juli 1991 stößt der D-Zug 448 Dresden-Köln bei der Ausfahrt aus dem Bahnhof Oebisfelde in Sachsen-Anhalt frontal mit einem Güterzug zusammen. Bei dem Unglück kommen die drei Lokführer ums Leben, 21 Reisende werden verletzt. Unglücksursache war das Übersehen eines Haltesignals durch einen der Lokführer.
11 Menschen sterben und 52 werden zum Teil schwer verletzt, als am 15. November 1992 im niedersächsischen Northeim ein D-Zug auf Güterwaggons prallt, die durch technisches Versagen entgleist und aufs Nachbargleis ungestürzt waren.
Der Zusammenstoß eines D-Zuges mit einer Rangierlok im Bahnhof Holthusen bei Schwerin fordert am 31. Dezember 1992 ein Todesopfer und 9 Verletzte. Ursache: menschliches Versagen.
Am 9. April 1993 prallt der Intercity 995 Berlin-Frankfurt/Main, der auf ein falsches Gleis geschickt worden war, mit dem Schnellzug D 10545 Hannover-Berlin zusammen. Bilanz des Zugunglücks in Berlin-Wannsee: 3 Tote und 14 Verletzte.
Bei einem Zugunglück bei Kiel werden am 22. Dezember 1993 eine Frau getötet und mehrere Menschen schwer verletzt. Der vollbesetzte Eilzug 3004 Hamburg-Kiel und ein Arbeitszug der Bahn waren auf der eingleisigen Strecke zwischen Preetz und Raisdorf zusammengestoßen.
Am 29. September 1994 rasen zwei Triebwagen der Eisenbahngesellschaft Altona-Kaltenkirchen-Neumünster (AKN) auf der eingleisigen Strecke nahe Bad Bramstedt ineinander. Es werden 6 Menschen getötet und Dutzende verletzt.
Beim Zusammenstoß des Interregio Chemnitz-Düsseldorf mit einem Personenzug in Werdau (Kreis Zwickauer Land) am 16. Oktober 1995 werden 2 Personen getötet und 16 verletzt.
Am 12. Dezember 1995 prallt der Regionalexpress 3612 Innsbruck-München bei der Ausfahrt aus dem Bahnhof Garmisch-Partenkirchen auf den gleichzeitig einfahrenden "Gläsernen Zug". Es werden 1 Passagier getötet und 46 verletzt.
Beim Frontalzusammenstoß zweier Regionalbahnen bei Kleinfurra in Thüringen am 5. Juni 1996 sterben 3 Menschen. Zwölf Passagiere werdenverletzt.
Rutschende Stahlrohre auf einem Güterwaggon schlitzen am 5. Juli 1997 in Marburg einen entgegenkommenden Personenzug auf. Dabei werden sechs Menschen getötet und zwölf Reisende zum Teil schwer verletzt.
Am 3. Juni 1998 springt der ICE "Wilhelm Conrad Röntgen" im niedersächsischen Eschede durch einen technischen Schaden am Radreifen aus den Schienen und zerschellt an einer Brücke. Es kommen dabei 101 Menschen ums Leben, über 100 werden zum Teil schwer verletzt. Es ist das schwerste Eisenbahnunglück in der deutschenGeschichte.
Am 18. Februar 1999 stößt ein Intercity mit einem Interregio vor dem Bahnhof im bayerischen Immenstadt zusammen. Eine Weiche war per Hand umgestellt worden. Bei dem Unglück werden 2 Menschen getötet und 35 verletzt.
Bei einem Zugunglück im Bahnhof Brühl bei Köln werden am 06. Februar 2000 neun Menschen getötet und 76 Fahrgäste verletzt. Der Nachtexpress D203 Amsterdam-Basel entgleist, nachdem er mit 122 Stundenkilometern über eine Strecke fuhr, bei der die Höchstgeschwindigkeit auf 40 Stundenkilometer begrenzt war.
Im Bahnhof Niederzeuzheim bei Limburg fährt eine Regionalbahn am 24. Mai 2000 auf einen stehenden Güterzug auf. Zwei Menschen werden schwer, rund 30 Personen leicht verletzt. Die Unfallursache ist vermutlich menschliches Versagen.
Garmisch-Patenkirchen: Zwei Züge der Zugspitzbahn prallen am 10. Juni 2000 im Katzenstein-Tunnel auf eingleisiger Strecke zusammen. 64 Menschen, die meisten Touristen, werden verletzt. Auch hier wird menschliches Versagen als Unfallursache angenommen.
32 Menschen werden verletzt, als am 30. November 2000 am Bahnhof im baden-württembergischen Herbrechtingen ein Stadtexpress auf einen stehenden Güterzug prallt. Fünf Menschen erleiden schwere Verletzungen. Unfallursache ist menschliches Versagen. Das für den Stadtexpress bestimmte Signal hatte fälschlicherweise auf Einfahrt gestanden.