Positiv bewerteten die Naturschützer am Mittwoch in Berlin, dass mit dem Gesetz das Verhältnis von Naturschutz und Landwirtschaft neu geregelt werde. Nachbesserungen forderten der Naturschutzbund Deutschland (NABU), der Bund für Umwelt und Naturschutz (BUND) und der Deutsche Naturschutzring (DNR) jedoch bei der Regelung von Eingriffen in Naturschutzgebiete. NABU-Präsident Jochen Flasbarth unterstrich, Kahlschläge und Monokulturen gehörten mit der Novelle endgültig der Vergangenheit an. DNR-Präsident Hubert Weinzierl begrüßte die Festschreibung der so genannten guten fachlichen Praxis als Mindestanforderung an die Landwirte. Dies sei ein wichtiger Impuls für die Agrarwende.
Der Deutsche Bauernverband betonte dagegen, der Nutzungskonflikt zwischen Land- und Forstwirtschaft, Naturschutz und Tourismus sei nicht von der Hand zu weisen. Die Novelle schränke eine "kooperative Konfliktlösung" erheblich ein. Zudem werde der Vertragsnaturschutz, bei dem der Bauer per Vertrag Aufgaben der Landschaftspflege wahrnimmt, deutlich geschwächt. Der DBV kritisierte auch das Festschreiben der so genannten guten fachlichen Praxis für die Land-, Forst- und Fischereiwirtschaft unter Gesichtspunkten des Naturschutzes. Ferner werde ein verbindlicher Ausgleich für Landwirte bei Leistungen, die über diese Praxis hinausgingen, nicht mehr festgeschrieben.
Bei der Regelung von Eingriffen wie Baumaßnahmen in Naturschutzgebiete kritisierten die Umweltverbände dagegen eine Aufweichung der bisherigen Praxis. Mit der Novelle werde jeder Eingriff möglich, sofern ein Ausgleich geschaffen werde. Dies könne auch eine finanzielle Kompensation sein, sagte Flasbarth. Damit falle die Möglichkeit zur Untersagung von Eingriffen faktisch weg. Ferner verlangten die Umweltschützer ein Verbot des Einsatzes gentechnisch veränderter Organismen in Naturschutzgebieten. Zudem müssten auch erneuerbare Energien wie Windanlagen dem Natur- und Landschaftsschutz unterliegen.
Der DIHT befürchtet, dass Deutschland im Wettbewerb um neue Industrieansiedlungen ins Hintertreffen geraten werde. Insbesondere die Verpflichtung der Länder, zehn Prozent ihrer Landesfläche für Biotope auszuweisen und miteinander zu vernetzen, werde notwendige Maßnahmen der Infrastrukturentwicklung verhindern.