Babyklappen und auch die Möglichkeit der "anonymen Geburt" beraubten das Kind der Chance, später zu leiblichen Eltern und Geschwistern Kontakt aufzunehmen, so terre des hommes. Die Kritik stütze sich auf Erfahrungen aus der über 30-jährigen Adoptionsvermittlungsarbeit von terre des hommes. Bernd Wacker, Experte für Adoption der Organisation, sagte, viele adoptierte Jugendliche und Erwachsene litten sehr unter den traumatisierenden Wirkungen des ursprünglichen Abgegebenseins. Sie würden oft jahrelang versuchen, ihre Ursprungsfamilie zu finden und den Umständen, die zu ihrer Abgabe geführt haben, auf die Spur zu kommen.
Wacker vertrat die Ansicht, die bestehenden gesetzlichen Möglichkeiten seien ausreichend, um der abgebenden Mutter Hilfe und Unterstützung zu bieten. Allerdings müssten diese Angebote bekannter gemacht werden, um auch die in Not geratenen Frauen zu erreichen. "Die Institutionalisierung der Babyklappe oder der anonymen Geburt als ordentliches Instrument der Kinder- und Jugendhilfe ist dazu nicht erforderlich und nicht geeignet", so Wacker weiter.
Die Anonymität ist nach Auffassung von terre des hommes auch deshalb problematisch, weil die Gründe für die Abgabe eines Kindes unklar bleiben. Ob die Abgabe des Kindes tatsächlich dem freien Willen der Mutter entspreche oder von Ehepartnern, Familie oder anderen Personen erzwungen sei, könne nicht mehr festgestellt werden. Weiter kritisiert terre des hommes, dass es an klaren Richtlinien für die Einrichtung privat betriebener Babyklappen fehle. Dies beträfe ebenso die Frage nach der Ausbildung und Qualifikation des Personals. Auch für die Behauptung, durch Einrichtungen wie Babyklappen und "anonyme Geburt" würden Kindestötungen verhindert, fehle es an überzeugenden Beweisen. Vielmehr sei zu vermuten, dass Kindestötung eine Panikhandlung sei und durch Babyklappen und "anonyme Geburt" nicht verhindert werde.
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